seqsummarycommand.h

   1 #ifndef SEQSUMMARYCOMMAND_H
   2 #define SEQSUMMARYCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  seqcoordcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 5/30/09.
   9  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "mothur.h"
  14 #include "command.hpp"
  15
  16 class SeqSummaryCommand : public Command {
  17 public:
  18         SeqSummaryCommand(string);
  19         SeqSummaryCommand();
  20         ~SeqSummaryCommand();
  21         vector<string> getRequiredParameters();
  22         vector<string> getValidParameters();
  23         vector<string> getRequiredFiles();
  24         map<string, vector<string> > getOutputFiles() { return outputTypes; }
  25         int execute();
  26         void help();
  27
  28 private:
  29         bool abort;
  30         string fastafile, outputDir;
  31         int processors;
  32         vector<string> outputNames;
  33         map<string, vector<string> > outputTypes;
  34
  35         struct linePair {
  36                 unsigned long int start;
  37                 unsigned long int end;
  38                 linePair(unsigned long int i, unsigned long int j) : start(i), end(j) {}
  39         };
  40
  41         vector<linePair*> lines;
  42         vector<int> processIDS;
  43
  44         int createProcessesCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string, string);
  45         int driverCreateSummary(vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, string, string, linePair*);
  46
  47         #ifdef USE_MPI
  48         int MPICreateSummary(int, int, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, vector<int>&, MPI_File&, MPI_File&, vector<unsigned long int>&);
  49         #endif
  50
  51
  52 };
  53
  54 #endif