sensspeccommand.h

   1 #ifndef SENSSPECCOMMAND_H
   2 #define SENSSPECCOMMAND_H
   3
   4
   5 /*
   6  *  sensspeccommand.h
   7  *  Mothur
   8  *
   9  *  Created by Pat Schloss on 7/6/10.
  10  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  11  *
  12  */
  13
  14 #include "mothur.h"
  15 #include "command.hpp"
  16
  17 class SensSpecCommand : public Command {
  18
  19 public:
  20         SensSpecCommand(string);
  21         SensSpecCommand();
  22         ~SensSpecCommand();
  23         vector<string> getRequiredParameters();
  24         vector<string> getValidParameters();
  25         vector<string> getRequiredFiles();
  26         map<string, vector<string> > getOutputFiles() { return outputTypes; }
  27         int execute();
  28         void help();
  29
  30 private:
  31         void processPhylip();
  32         void processColumn();
  33         void setUpOutput();
  34         void outputStatistics(string, string);
  35
  36         string listFile, distFile, nameFile, sensSpecFileName;
  37         string outputDir;
  38         string format;
  39         vector<string> outputNames;
  40         map<string, vector<string> > outputTypes;
  41
  42         long int truePositives, falsePositives, trueNegatives, falseNegatives;
  43         bool abort;
  44         bool hard;
  45         string lineLabel;
  46         double cutoff;
  47         int precision;
  48 };
  49
  50 #endif