sabundvector.hpp

   1 #ifndef SABUND_H
   2 #define SABUND_H
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   4 using namespace std;
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   6 #include "datavector.hpp"
   7 #include "rabundvector.hpp"
   8 #include "ordervector.hpp"
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  10 class SAbundVector : public DataVector {
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  12 public:
  13         SAbundVector();
  14         SAbundVector(int);
  15 //      SAbundVector(const SAbundVector&);
  16         SAbundVector(string, vector<int>);
  17         SAbundVector(const SAbundVector& rv) : DataVector(rv.label), data(rv.data), maxRank(rv.maxRank), numBins(rv.numBins), numSeqs(rv.numSeqs){};
  18         SAbundVector(ifstream&);
  19         ~SAbundVector(){};
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  21         int getNumBins();
  22         int getNumSeqs();
  23         int getMaxRank();
  24
  25         void set(int, int);
  26         int get(int);
  27         void push_back(int);
  28         void resize(int);
  29         int size();
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  31         void print(ostream&);
  32         void print(string, ostream&);
  33
  34         RAbundVector getRAbundVector();
  35         SAbundVector getSAbundVector();
  36         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  37
  38 private:
  39         vector<int> data;
  40 //      bool needToUpdate;
  41 //      void updateStats();
  42         int maxRank;
  43         int numBins;
  44         int numSeqs;
  45
  46 };
  47
  48 #endif