sabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sabund.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights resesaved.
   7  *
   8  */
   9 using namespace std;
  10
  11 #include "sabundvector.hpp"
  12 #include "utilities.hpp"
  13 #include "calculator.h"
  14
  15 /***********************************************************************/
  16
  17 SAbundVector::SAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){};
  18
  19 /***********************************************************************/
  20
  21 SAbundVector::SAbundVector(int size) :  DataVector(), data(size, 0), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  22
  23 /***********************************************************************/
  24
  25 SAbundVector::SAbundVector(string id, vector<int> sav) : DataVector(id), data(sav) {
  26         try {
  27                 for(int i=0;i<sav.size();i++){
  28                         if(data[i] != 0){       maxRank = i;    }
  29                         numSeqs += i*data[i];
  30                         numBins += data[i];
  31                 }
  32         }
  33         catch(exception& e) {
  34                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  35                 exit(1);
  36         }
  37         catch(...) {
  38                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  39                 exit(1);
  40         }
  41 }
  42
  43 /***********************************************************************/
  44
  45 SAbundVector::SAbundVector(vector <int> dataVec, int mr, int nb, int ns) {
  46         try {
  47                 data = dataVec;
  48                 maxRank = mr;
  49                 numBins = nb;
  50                 numSeqs = ns;
  51         }
  52         catch(exception& e) {
  53                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  54                 exit(1);
  55         }
  56         catch(...) {
  57                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  58                 exit(1);
  59         }
  60 }
  61 /***********************************************************************/
  62
  63 SAbundVector::SAbundVector(ifstream& f): DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  64         try {
  65                 int hold;
  66                 f >> label >> hold;
  67
  68                 data.assign(hold+1, 0);
  69                 int inputData;
  70
  71                 for(int i=1;i<=hold;i++){
  72                         f >> inputData;
  73                         set(i, inputData);
  74                 }
  75         }
  76         catch(exception& e) {
  77                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  78                 exit(1);
  79         }
  80         catch(...) {
  81                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  82                 exit(1);
  83         }
  84 }
  85
  86
  87 /***********************************************************************/
  88
  89 void SAbundVector::set(int sabund, int abundance){
  90         try {
  91
  92                 int initSize = data[sabund];
  93                 data[sabund] = abundance;
  94
  95                 if(sabund != 0){
  96                         numBins += (abundance - initSize);
  97                 }
  98
  99                 numSeqs += sabund * (abundance - initSize);
 100
 101                 if(sabund > maxRank)    {       maxRank = sabund;               }
 102         }
 103         catch(exception& e) {
 104                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 105                 exit(1);
 106         }
 107         catch(...) {
 108                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 109                 exit(1);
 110         }
 111 }
 112
 113
 114 /***********************************************************************/
 115
 116 int SAbundVector::get(int index){
 117         return data[index];
 118 }
 119
 120 /***********************************************************************/
 121
 122 void SAbundVector::push_back(int abundance){
 123         try {
 124                 data.push_back(abundance);
 125
 126                 maxRank++;
 127
 128                 numBins += abundance;
 129
 130                 numSeqs += (maxRank * abundance);
 131         }
 132         catch(exception& e) {
 133                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 134                 exit(1);
 135         }
 136         catch(...) {
 137                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 138                 exit(1);
 139         }
 140 }
 141 /***********************************************************************/
 142
 143 void SAbundVector::quicksort(){
 144         sort(data.rbegin(), data.rend());
 145 }
 146
 147 /***********************************************************************/
 148
 149 int SAbundVector::sum(){
 150         VecCalc vecCalc;
 151         return vecCalc.sumElements(data);
 152 }
 153
 154 /***********************************************************************/
 155
 156 void SAbundVector::resize(int size){
 157         data.resize(size);
 158 }
 159
 160 /***********************************************************************/
 161
 162 int SAbundVector::size(){
 163         return data.size();
 164 }
 165
 166 /***********************************************************************/
 167 void SAbundVector::print(string prefix, ostream& output){
 168
 169         output << prefix << '\t' << maxRank << '\t';
 170
 171         for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 172                 output << data[i] << '\t';
 173         }
 174         output << endl;
 175 }
 176
 177 /***********************************************************************/
 178 void SAbundVector::print(ostream& output){
 179         try {
 180                 output << label << '\t' << maxRank << '\t';
 181
 182                 for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 183                         output << data[i] << '\t';
 184                 }
 185                 output << endl;
 186         }
 187         catch(exception& e) {
 188                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 189                 exit(1);
 190         }
 191         catch(...) {
 192                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 193                 exit(1);
 194         }
 195 }
 196
 197 /**********************************************************************/
 198 int SAbundVector::getNumBins(){
 199 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 200         return numBins;
 201 }
 202
 203 /***********************************************************************/
 204
 205 int SAbundVector::getNumSeqs(){
 206 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 207         return numSeqs;
 208 }
 209
 210 /***********************************************************************/
 211
 212 int SAbundVector::getMaxRank(){
 213 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 214         return maxRank;
 215 }
 216 /***********************************************************************/
 217 RAbundVector SAbundVector::getRAbundVector(){
 218         try {
 219                 RAbundVector rav;
 220
 221                 for(int i=1;i<=data.size();i++){
 222                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 223                                 rav.push_back(i);
 224                         }
 225                 }
 226                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 227
 228                 rav.setLabel(label);
 229                 return rav;
 230         }
 231         catch(exception& e) {
 232                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 233                 exit(1);
 234         }
 235         catch(...) {
 236                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 237                 exit(1);
 238         }
 239 }
 240
 241 /***********************************************************************/
 242
 243 SAbundVector SAbundVector::getSAbundVector(){
 244         return *this;
 245 }
 246
 247 /***********************************************************************/
 248
 249 OrderVector SAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL){
 250         try {
 251                 OrderVector ov;
 252
 253                 int binIndex = 0;
 254
 255                 for(int i=1;i<data.size();i++){
 256                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 257                                 for(int k=0;k<i;k++){
 258                                         ov.push_back(binIndex);
 259                                 }
 260                                 binIndex++;
 261                         }
 262                 }
 263
 264                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 265
 266                 ov.setLabel(label);
 267                 ov.getNumBins();
 268                 return ov;
 269         }
 270         catch(exception& e) {
 271                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 272                 exit(1);
 273         }
 274         catch(...) {
 275                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 276                 exit(1);
 277         }
 278 }
 279
 280 /***********************************************************************/