sabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sabund.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights resesaved.
   7  *
   8  */
   9 using namespace std;
  10
  11 #include "sabundvector.hpp"
  12 #include "calculator.h"
  13
  14 /***********************************************************************/
  15
  16 SAbundVector::SAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){};
  17
  18 /***********************************************************************/
  19
  20 SAbundVector::SAbundVector(int size) :  DataVector(), data(size, 0), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  21
  22 /***********************************************************************/
  23
  24 SAbundVector::SAbundVector(string id, vector<int> sav) : DataVector(id), data(sav) {
  25         try {
  26                 for(int i=0;i<sav.size();i++){
  27                         if(data[i] != 0){       maxRank = i;    }
  28                         numSeqs += i*data[i];
  29                         numBins += data[i];
  30                 }
  31         }
  32         catch(exception& e) {
  33                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  34                 exit(1);
  35         }
  36         catch(...) {
  37                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  38                 exit(1);
  39         }
  40 }
  41
  42 /***********************************************************************/
  43
  44 SAbundVector::SAbundVector(vector <int> dataVec, int mr, int nb, int ns) {
  45         try {
  46                 data = dataVec;
  47                 maxRank = mr;
  48                 numBins = nb;
  49                 numSeqs = ns;
  50         }
  51         catch(exception& e) {
  52                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  53                 exit(1);
  54         }
  55         catch(...) {
  56                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  57                 exit(1);
  58         }
  59 }
  60 /***********************************************************************/
  61
  62 SAbundVector::SAbundVector(ifstream& f): DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  63         try {
  64                 int hold;
  65                 f >> label >> hold;
  66
  67                 data.assign(hold+1, 0);
  68                 int inputData;
  69
  70                 for(int i=1;i<=hold;i++){
  71                         f >> inputData;
  72                         set(i, inputData);
  73                 }
  74         }
  75         catch(exception& e) {
  76                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  77                 exit(1);
  78         }
  79         catch(...) {
  80                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  81                 exit(1);
  82         }
  83 }
  84
  85
  86 /***********************************************************************/
  87
  88 void SAbundVector::set(int sabund, int abundance){
  89         try {
  90
  91                 int initSize = data[sabund];
  92                 data[sabund] = abundance;
  93
  94                 if(sabund != 0){
  95                         numBins += (abundance - initSize);
  96                 }
  97
  98                 numSeqs += sabund * (abundance - initSize);
  99
 100                 if(sabund > maxRank)    {       maxRank = sabund;               }
 101         }
 102         catch(exception& e) {
 103                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 104                 exit(1);
 105         }
 106         catch(...) {
 107                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 108                 exit(1);
 109         }
 110 }
 111
 112
 113 /***********************************************************************/
 114
 115 int SAbundVector::get(int index){
 116         return data[index];
 117 }
 118
 119 /***********************************************************************/
 120
 121 void SAbundVector::push_back(int abundance){
 122         try {
 123                 data.push_back(abundance);
 124
 125                 maxRank++;
 126
 127                 numBins += abundance;
 128
 129                 numSeqs += (maxRank * abundance);
 130         }
 131         catch(exception& e) {
 132                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 133                 exit(1);
 134         }
 135         catch(...) {
 136                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 137                 exit(1);
 138         }
 139 }
 140 /***********************************************************************/
 141
 142 void SAbundVector::quicksort(){
 143         sort(data.rbegin(), data.rend());
 144 }
 145
 146 /***********************************************************************/
 147
 148 int SAbundVector::sum(){
 149         VecCalc vecCalc;
 150         return vecCalc.sumElements(data);
 151 }
 152
 153 /***********************************************************************/
 154
 155 void SAbundVector::resize(int size){
 156         data.resize(size);
 157 }
 158
 159 /***********************************************************************/
 160
 161 int SAbundVector::size(){
 162         return data.size();
 163 }
 164
 165 /***********************************************************************/
 166 void SAbundVector::print(string prefix, ostream& output){
 167
 168         output << prefix << '\t' << maxRank << '\t';
 169
 170         for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 171                 output << data[i] << '\t';
 172         }
 173         output << endl;
 174 }
 175
 176 /***********************************************************************/
 177 void SAbundVector::print(ostream& output){
 178         try {
 179                 output << label << '\t' << maxRank << '\t';
 180
 181                 for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 182                         output << data[i] << '\t';
 183                 }
 184                 output << endl;
 185         }
 186         catch(exception& e) {
 187                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 188                 exit(1);
 189         }
 190         catch(...) {
 191                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 192                 exit(1);
 193         }
 194 }
 195
 196 /**********************************************************************/
 197 int SAbundVector::getNumBins(){
 198 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 199         return numBins;
 200 }
 201
 202 /***********************************************************************/
 203
 204 int SAbundVector::getNumSeqs(){
 205 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 206         return numSeqs;
 207 }
 208
 209 /***********************************************************************/
 210
 211 int SAbundVector::getMaxRank(){
 212 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 213         return maxRank;
 214 }
 215 /***********************************************************************/
 216 RAbundVector SAbundVector::getRAbundVector(){
 217         try {
 218                 RAbundVector rav;
 219
 220                 for(int i=1;i<=data.size();i++){
 221                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 222                                 rav.push_back(i);
 223                         }
 224                 }
 225                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 226
 227                 rav.setLabel(label);
 228                 return rav;
 229         }
 230         catch(exception& e) {
 231                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 232                 exit(1);
 233         }
 234         catch(...) {
 235                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 236                 exit(1);
 237         }
 238 }
 239
 240 /***********************************************************************/
 241
 242 SAbundVector SAbundVector::getSAbundVector(){
 243         return *this;
 244 }
 245
 246 /***********************************************************************/
 247
 248 OrderVector SAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL){
 249         try {
 250                 OrderVector ov;
 251
 252                 int binIndex = 0;
 253
 254                 for(int i=1;i<data.size();i++){
 255                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 256                                 for(int k=0;k<i;k++){
 257                                         ov.push_back(binIndex);
 258                                 }
 259                                 binIndex++;
 260                         }
 261                 }
 262
 263                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 264
 265                 ov.setLabel(label);
 266                 ov.getNumBins();
 267                 return ov;
 268         }
 269         catch(exception& e) {
 270                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 271                 exit(1);
 272         }
 273         catch(...) {
 274                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 275                 exit(1);
 276         }
 277 }
 278
 279 /***********************************************************************/