sabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sabund.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights resesaved.
   7  *
   8  */
   9 using namespace std;
  10
  11 #include "sabundvector.hpp"
  12 #include "utilities.hpp"
  13
  14 /***********************************************************************/
  15
  16 SAbundVector::SAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){};
  17
  18 /***********************************************************************/
  19
  20 SAbundVector::SAbundVector(int size) :  DataVector(), data(size, 0), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  21
  22 /***********************************************************************/
  23
  24 SAbundVector::SAbundVector(string id, vector<int> sav) : DataVector(id), data(sav) {
  25         try {
  26
  27                 for(int i=0;i<sav.size();i++){
  28                         if(data[i] != 0){       maxRank = i;    }
  29                         numSeqs += i*data[i];
  30                         numBins += data[i];
  31                 }
  32         }
  33         catch(exception& e) {
  34                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  35                 exit(1);
  36         }
  37         catch(...) {
  38                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  39                 exit(1);
  40         }
  41 }
  42
  43 /***********************************************************************/
  44
  45 SAbundVector::SAbundVector(ifstream& f): DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  46         try {
  47                 int hold;
  48                 f >> label >> hold;
  49
  50                 data.assign(hold+1, 0);
  51                 int inputData;
  52
  53                 for(int i=1;i<=hold;i++){
  54                         f >> inputData;
  55                         set(i, inputData);
  56                 }
  57         }
  58         catch(exception& e) {
  59                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  60                 exit(1);
  61         }
  62         catch(...) {
  63                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  64                 exit(1);
  65         }
  66 }
  67
  68 /***********************************************************************/
  69
  70 void SAbundVector::set(int sabund, int abundance){
  71         try {
  72
  73                 int initSize = data[sabund];
  74                 data[sabund] = abundance;
  75
  76                 if(sabund != 0){
  77                         numBins += (abundance - initSize);
  78                 }
  79
  80                 numSeqs += sabund * (abundance - initSize);
  81
  82                 if(sabund > maxRank)    {       maxRank = sabund;               }
  83         }
  84         catch(exception& e) {
  85                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  86                 exit(1);
  87         }
  88         catch(...) {
  89                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  90                 exit(1);
  91         }
  92 }
  93
  94 /***********************************************************************/
  95
  96 int SAbundVector::get(int index){
  97         return data[index];
  98 }
  99
 100 /***********************************************************************/
 101
 102 void SAbundVector::push_back(int abundance){
 103         try {
 104                 data.push_back(abundance);
 105
 106                 maxRank++;
 107
 108                 numBins += abundance;
 109
 110                 numSeqs += (maxRank * abundance);
 111         }
 112         catch(exception& e) {
 113                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 114                 exit(1);
 115         }
 116         catch(...) {
 117                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 118                 exit(1);
 119         }
 120 }
 121
 122 /***********************************************************************/
 123
 124 void SAbundVector::resize(int size){
 125         data.resize(size);
 126 }
 127
 128 /***********************************************************************/
 129
 130 int SAbundVector::size(){
 131         return data.size();
 132 }
 133
 134 /***********************************************************************/
 135 void SAbundVector::print(string prefix, ostream& output){
 136
 137         output << prefix << '\t' << maxRank << '\t';
 138
 139         for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 140                 output << data[i] << '\t';
 141         }
 142         output << endl;
 143 }
 144
 145 /***********************************************************************/
 146 void SAbundVector::print(ostream& output){
 147         try {
 148                 output << label << '\t' << maxRank << '\t';
 149
 150                 for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 151                         output << data[i] << '\t';
 152                 }
 153                 output << endl;
 154         }
 155         catch(exception& e) {
 156                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 157                 exit(1);
 158         }
 159         catch(...) {
 160                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 161                 exit(1);
 162         }
 163 }
 164
 165 /**********************************************************************/
 166 int SAbundVector::getNumBins(){
 167 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 168         return numBins;
 169 }
 170
 171 /***********************************************************************/
 172
 173 int SAbundVector::getNumSeqs(){
 174 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 175         return numSeqs;
 176 }
 177
 178 /***********************************************************************/
 179
 180 int SAbundVector::getMaxRank(){
 181 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 182         return maxRank;
 183 }
 184 /***********************************************************************/
 185 RAbundVector SAbundVector::getRAbundVector(){
 186         try {
 187                 RAbundVector rav;
 188
 189                 for(int i=1;i<=data.size();i++){
 190                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 191                                 rav.push_back(i);
 192                         }
 193                 }
 194                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 195
 196                 rav.setLabel(label);
 197                 return rav;
 198         }
 199         catch(exception& e) {
 200                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 201                 exit(1);
 202         }
 203         catch(...) {
 204                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 205                 exit(1);
 206         }
 207 }
 208
 209 /***********************************************************************/
 210
 211 SAbundVector SAbundVector::getSAbundVector(){
 212         return *this;
 213 }
 214
 215 /***********************************************************************/
 216
 217 OrderVector SAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL){
 218         try {
 219                 OrderVector ov;
 220
 221                 int binIndex = 0;
 222
 223                 for(int i=1;i<data.size();i++){
 224                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 225                                 for(int k=0;k<i;k++){
 226                                         ov.push_back(binIndex);
 227                                 }
 228                                 binIndex++;
 229                         }
 230                 }
 231
 232                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 233
 234                 ov.setLabel(label);
 235                 ov.getNumBins();
 236                 return ov;
 237         }
 238         catch(exception& e) {
 239                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 240                 exit(1);
 241         }
 242         catch(...) {
 243                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 244                 exit(1);
 245         }
 246 }
 247
 248 /***********************************************************************/