sabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sabund.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights resesaved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sabundvector.hpp"
  11 #include "calculator.h"
  12
  13 /***********************************************************************/
  14
  15 SAbundVector::SAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){}
  16
  17 /***********************************************************************/
  18
  19 SAbundVector::SAbundVector(int size) :  DataVector(), data(size, 0), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {}
  20
  21 /***********************************************************************/
  22
  23 SAbundVector::SAbundVector(string id, vector<int> sav) : DataVector(id), data(sav) {
  24         try {
  25                 for(int i=0;i<sav.size();i++){
  26                         if(data[i] != 0){       maxRank = i;    }
  27                         numSeqs += i*data[i];
  28                         numBins += data[i];
  29                 }
  30         }
  31         catch(exception& e) {
  32                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  33                 exit(1);
  34         }
  35         catch(...) {
  36                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  37                 exit(1);
  38         }
  39 }
  40
  41 /***********************************************************************/
  42
  43 SAbundVector::SAbundVector(vector <int> dataVec, int mr, int nb, int ns) {
  44         try {
  45                 data = dataVec;
  46                 maxRank = mr;
  47                 numBins = nb;
  48                 numSeqs = ns;
  49         }
  50         catch(exception& e) {
  51                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  52                 exit(1);
  53         }
  54         catch(...) {
  55                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  56                 exit(1);
  57         }
  58 }
  59 /***********************************************************************/
  60
  61 SAbundVector::SAbundVector(ifstream& f): DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  62         try {
  63                 int hold;
  64                 f >> label >> hold;
  65
  66                 data.assign(hold+1, 0);
  67                 int inputData;
  68
  69                 for(int i=1;i<=hold;i++){
  70                         f >> inputData;
  71                         set(i, inputData);
  72                 }
  73         }
  74         catch(exception& e) {
  75                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  76                 exit(1);
  77         }
  78         catch(...) {
  79                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  80                 exit(1);
  81         }
  82 }
  83
  84
  85 /***********************************************************************/
  86
  87 void SAbundVector::set(int sabund, int abundance){
  88         try {
  89
  90                 int initSize = data[sabund];
  91                 data[sabund] = abundance;
  92
  93                 if(sabund != 0){
  94                         numBins += (abundance - initSize);
  95                 }
  96
  97                 numSeqs += sabund * (abundance - initSize);
  98
  99                 if(sabund > maxRank)    {       maxRank = sabund;               }
 100         }
 101         catch(exception& e) {
 102                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 103                 exit(1);
 104         }
 105         catch(...) {
 106                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 107                 exit(1);
 108         }
 109 }
 110
 111
 112 /***********************************************************************/
 113
 114 int SAbundVector::get(int index){
 115         return data[index];
 116 }
 117
 118 /***********************************************************************/
 119
 120 void SAbundVector::push_back(int abundance){
 121         try {
 122                 data.push_back(abundance);
 123
 124                 maxRank++;
 125
 126                 numBins += abundance;
 127
 128                 numSeqs += (maxRank * abundance);
 129         }
 130         catch(exception& e) {
 131                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 132                 exit(1);
 133         }
 134         catch(...) {
 135                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 136                 exit(1);
 137         }
 138 }
 139 /***********************************************************************/
 140
 141 void SAbundVector::quicksort(){
 142         sort(data.rbegin(), data.rend());
 143 }
 144
 145 /***********************************************************************/
 146
 147 int SAbundVector::sum(){
 148         VecCalc vecCalc;
 149         return vecCalc.sumElements(data);
 150 }
 151
 152 /***********************************************************************/
 153
 154 void SAbundVector::resize(int size){
 155         data.resize(size);
 156 }
 157
 158 /***********************************************************************/
 159
 160 int SAbundVector::size(){
 161         return data.size();
 162 }
 163
 164 /***********************************************************************/
 165 void SAbundVector::print(string prefix, ostream& output){
 166
 167         output << prefix << '\t' << maxRank << '\t';
 168
 169         for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 170                 output << data[i] << '\t';
 171         }
 172         output << endl;
 173 }
 174
 175 /***********************************************************************/
 176 void SAbundVector::print(ostream& output){
 177         try {
 178                 output << label << '\t' << maxRank << '\t';
 179
 180                 for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 181                         output << data[i] << '\t';
 182                 }
 183                 output << endl;
 184         }
 185         catch(exception& e) {
 186                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 187                 exit(1);
 188         }
 189         catch(...) {
 190                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 191                 exit(1);
 192         }
 193 }
 194
 195 /**********************************************************************/
 196 int SAbundVector::getNumBins(){
 197 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 198         return numBins;
 199 }
 200
 201 /***********************************************************************/
 202
 203 int SAbundVector::getNumSeqs(){
 204 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 205         return numSeqs;
 206 }
 207
 208 /***********************************************************************/
 209
 210 int SAbundVector::getMaxRank(){
 211 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 212         return maxRank;
 213 }
 214 /***********************************************************************/
 215 RAbundVector SAbundVector::getRAbundVector(){
 216         try {
 217                 RAbundVector rav;
 218
 219                 for(int i=1;i<=data.size();i++){
 220                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 221                                 rav.push_back(i);
 222                         }
 223                 }
 224                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 225
 226                 rav.setLabel(label);
 227                 return rav;
 228         }
 229         catch(exception& e) {
 230                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 231                 exit(1);
 232         }
 233         catch(...) {
 234                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 235                 exit(1);
 236         }
 237 }
 238
 239 /***********************************************************************/
 240
 241 SAbundVector SAbundVector::getSAbundVector(){
 242         return *this;
 243 }
 244
 245 /***********************************************************************/
 246
 247 OrderVector SAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL){
 248         try {
 249                 OrderVector ov;
 250
 251                 int binIndex = 0;
 252
 253                 for(int i=1;i<data.size();i++){
 254                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 255                                 for(int k=0;k<i;k++){
 256                                         ov.push_back(binIndex);
 257                                 }
 258                                 binIndex++;
 259                         }
 260                 }
 261
 262                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 263
 264                 ov.setLabel(label);
 265                 ov.getNumBins();
 266                 return ov;
 267         }
 268         catch(exception& e) {
 269                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 270                 exit(1);
 271         }
 272         catch(...) {
 273                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 274                 exit(1);
 275         }
 276 }
 277
 278 /***********************************************************************/