sabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sabund.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights resesaved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sabundvector.hpp"
  11 #include "calculator.h"
  12
  13 /***********************************************************************/
  14
  15 SAbundVector::SAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){}
  16
  17 /***********************************************************************/
  18
  19 SAbundVector::SAbundVector(int size) :  DataVector(), data(size, 0), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {}
  20
  21 /***********************************************************************/
  22
  23 SAbundVector::SAbundVector(string id, vector<int> sav) : DataVector(id), data(sav) {
  24         try {
  25                 for(int i=0;i<sav.size();i++){
  26                         if(data[i] != 0){       maxRank = i;    }
  27                         numSeqs += i*data[i];
  28                         numBins += data[i];
  29                 }
  30         }
  31         catch(exception& e) {
  32                 errorOut(e, "SAbundVector", "SAbundVector");
  33                 exit(1);
  34         }
  35 }
  36
  37 /***********************************************************************/
  38
  39 SAbundVector::SAbundVector(vector <int> dataVec, int mr, int nb, int ns) {
  40         try {
  41                 data = dataVec;
  42                 maxRank = mr;
  43                 numBins = nb;
  44                 numSeqs = ns;
  45         }
  46         catch(exception& e) {
  47                 errorOut(e, "SAbundVector", "SAbundVector");
  48                 exit(1);
  49         }
  50 }
  51 /***********************************************************************/
  52
  53 SAbundVector::SAbundVector(ifstream& f): DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  54         try {
  55                 int hold;
  56                 f >> label >> hold;
  57
  58                 data.assign(hold+1, 0);
  59                 int inputData;
  60
  61                 for(int i=1;i<=hold;i++){
  62                         f >> inputData;
  63                         set(i, inputData);
  64                 }
  65         }
  66         catch(exception& e) {
  67                 errorOut(e, "SAbundVector", "SAbundVector");
  68                 exit(1);
  69         }
  70 }
  71
  72
  73 /***********************************************************************/
  74
  75 void SAbundVector::set(int sabund, int abundance){
  76         try {
  77
  78                 int initSize = data[sabund];
  79                 data[sabund] = abundance;
  80
  81                 if(sabund != 0){
  82                         numBins += (abundance - initSize);
  83                 }
  84
  85                 numSeqs += sabund * (abundance - initSize);
  86
  87                 if(sabund > maxRank)    {       maxRank = sabund;               }
  88         }
  89         catch(exception& e) {
  90                 errorOut(e, "SAbundVector", "set");
  91                 exit(1);
  92         }
  93 }
  94
  95
  96 /***********************************************************************/
  97
  98 int SAbundVector::get(int index){
  99         return data[index];
 100 }
 101
 102 /***********************************************************************/
 103
 104 void SAbundVector::push_back(int abundance){
 105         try {
 106                 data.push_back(abundance);
 107
 108                 maxRank++;
 109
 110                 numBins += abundance;
 111
 112                 numSeqs += (maxRank * abundance);
 113         }
 114         catch(exception& e) {
 115                 errorOut(e, "SAbundVector", "push_back");
 116                 exit(1);
 117         }
 118 }
 119 /***********************************************************************/
 120
 121 void SAbundVector::quicksort(){
 122         sort(data.rbegin(), data.rend());
 123 }
 124
 125 /***********************************************************************/
 126
 127 int SAbundVector::sum(){
 128         VecCalc vecCalc;
 129         return vecCalc.sumElements(data);
 130 }
 131
 132 /***********************************************************************/
 133
 134 void SAbundVector::resize(int size){
 135         data.resize(size);
 136 }
 137
 138 /***********************************************************************/
 139
 140 int SAbundVector::size(){
 141         return data.size();
 142 }
 143
 144 /***********************************************************************/
 145 void SAbundVector::print(string prefix, ostream& output){
 146
 147         output << prefix << '\t' << maxRank << '\t';
 148
 149         for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 150                 output << data[i] << '\t';
 151         }
 152         output << endl;
 153 }
 154
 155 /***********************************************************************/
 156 void SAbundVector::print(ostream& output){
 157         try {
 158                 output << label << '\t' << maxRank << '\t';
 159
 160                 for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 161                         output << data[i] << '\t';
 162                 }
 163                 output << endl;
 164         }
 165         catch(exception& e) {
 166                 errorOut(e, "SAbundVector", "print");
 167                 exit(1);
 168         }
 169 }
 170
 171 /**********************************************************************/
 172 int SAbundVector::getNumBins(){
 173 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 174         return numBins;
 175 }
 176
 177 /***********************************************************************/
 178
 179 int SAbundVector::getNumSeqs(){
 180 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 181         return numSeqs;
 182 }
 183
 184 /***********************************************************************/
 185
 186 int SAbundVector::getMaxRank(){
 187 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 188         return maxRank;
 189 }
 190 /***********************************************************************/
 191 RAbundVector SAbundVector::getRAbundVector(){
 192         try {
 193                 RAbundVector rav;
 194
 195                 for(int i=1;i<=data.size();i++){
 196                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 197                                 rav.push_back(i);
 198                         }
 199                 }
 200                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 201
 202                 rav.setLabel(label);
 203                 return rav;
 204         }
 205         catch(exception& e) {
 206                 errorOut(e, "SAbundVector", "getRAbundVector");
 207                 exit(1);
 208         }
 209 }
 210
 211 /***********************************************************************/
 212
 213 SAbundVector SAbundVector::getSAbundVector(){
 214         return *this;
 215 }
 216
 217 /***********************************************************************/
 218
 219 OrderVector SAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL){
 220         try {
 221                 OrderVector ov;
 222
 223                 int binIndex = 0;
 224
 225                 for(int i=1;i<data.size();i++){
 226                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 227                                 for(int k=0;k<i;k++){
 228                                         ov.push_back(binIndex);
 229                                 }
 230                                 binIndex++;
 231                         }
 232                 }
 233
 234                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 235
 236                 ov.setLabel(label);
 237                 ov.getNumBins();
 238                 return ov;
 239         }
 240         catch(exception& e) {
 241                 errorOut(e, "SAbundVector", "getOrderVector");
 242                 exit(1);
 243         }
 244 }
 245
 246 /***********************************************************************/