sabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sabund.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights resesaved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sabundvector.hpp"
  11 #include "calculator.h"
  12
  13 /***********************************************************************/
  14
  15 SAbundVector::SAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){}
  16
  17 /***********************************************************************/
  18
  19 SAbundVector::SAbundVector(int size) :  DataVector(), data(size, 0), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {}
  20
  21 /***********************************************************************/
  22
  23 SAbundVector::SAbundVector(string id, vector<int> sav) : DataVector(id), data(sav) {
  24         try {
  25                 for(int i=0;i<sav.size();i++){
  26                         if(data[i] != 0){       maxRank = i;    }
  27                         numSeqs += i*data[i];
  28                         numBins += data[i];
  29                 }
  30         }
  31         catch(exception& e) {
  32                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "SAbundVector");
  33                 exit(1);
  34         }
  35 }
  36
  37 /***********************************************************************/
  38
  39 SAbundVector::SAbundVector(vector <int> dataVec, int mr, int nb, int ns) {
  40         try {
  41                 data = dataVec;
  42                 maxRank = mr;
  43                 numBins = nb;
  44                 numSeqs = ns;
  45         }
  46         catch(exception& e) {
  47                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "SAbundVector");
  48                 exit(1);
  49         }
  50 }
  51 /***********************************************************************/
  52
  53 SAbundVector::SAbundVector(ifstream& f): DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  54         try {
  55                 int hold;
  56                 f >> label >> hold;
  57
  58                 data.assign(hold+1, 0);
  59                 int inputData;
  60
  61                 for(int i=1;i<=hold;i++){
  62                         f >> inputData;
  63
  64                         set(i, inputData);
  65                 }
  66
  67         }
  68         catch(exception& e) {
  69                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "SAbundVector");
  70                 exit(1);
  71         }
  72 }
  73
  74
  75 /***********************************************************************/
  76
  77 void SAbundVector::set(int sabund, int abundance){
  78         try {
  79
  80                 int initSize = data[sabund];
  81                 data[sabund] = abundance;
  82
  83                 if(sabund != 0){
  84                         numBins += (abundance - initSize);
  85                 }
  86
  87                 numSeqs += sabund * (abundance - initSize);
  88
  89                 if(sabund > maxRank)    {       maxRank = sabund;               }
  90         }
  91         catch(exception& e) {
  92                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "set");
  93                 exit(1);
  94         }
  95 }
  96
  97
  98 /***********************************************************************/
  99
 100 int SAbundVector::get(int index){
 101         return data[index];
 102 }
 103
 104 /***********************************************************************/
 105
 106 void SAbundVector::push_back(int abundance){
 107         try {
 108                 data.push_back(abundance);
 109
 110                 maxRank++;
 111
 112                 numBins += abundance;
 113
 114                 numSeqs += (maxRank * abundance);
 115         }
 116         catch(exception& e) {
 117                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "push_back");
 118                 exit(1);
 119         }
 120 }
 121 /***********************************************************************/
 122
 123 void SAbundVector::quicksort(){
 124         sort(data.rbegin(), data.rend());
 125 }
 126
 127 /***********************************************************************/
 128
 129 int SAbundVector::sum(){
 130         VecCalc vecCalc;
 131         return vecCalc.sumElements(data);
 132 }
 133
 134 /***********************************************************************/
 135
 136 void SAbundVector::resize(int size){
 137         data.resize(size);
 138 }
 139
 140 /***********************************************************************/
 141
 142 int SAbundVector::size(){
 143         return data.size();
 144 }
 145
 146 /***********************************************************************/
 147 void SAbundVector::print(string prefix, ostream& output){
 148
 149         output << prefix << '\t' << maxRank << '\t';
 150
 151         for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 152                 output << data[i] << '\t';
 153         }
 154         output << endl;
 155 }
 156 /***********************************************************************/
 157 void SAbundVector::clear(){
 158         numBins = 0;
 159         maxRank = 0;
 160         numSeqs = 0;
 161         data.clear();
 162 }
 163 /***********************************************************************/
 164 void SAbundVector::print(ostream& output){
 165         try {
 166                 output << label << '\t' << maxRank << '\t';
 167
 168                 for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 169                         output << data[i] << '\t';
 170                 }
 171                 output << endl;
 172         }
 173         catch(exception& e) {
 174                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "print");
 175                 exit(1);
 176         }
 177 }
 178
 179 /**********************************************************************/
 180 int SAbundVector::getNumBins(){
 181 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 182         return numBins;
 183 }
 184
 185 /***********************************************************************/
 186
 187 int SAbundVector::getNumSeqs(){
 188 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 189         return numSeqs;
 190 }
 191
 192 /***********************************************************************/
 193
 194 int SAbundVector::getMaxRank(){
 195 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 196         return maxRank;
 197 }
 198 /***********************************************************************/
 199 RAbundVector SAbundVector::getRAbundVector(){
 200         try {
 201                 RAbundVector rav;
 202
 203                 for(int i=1;i < data.size();i++){
 204                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 205                                 rav.push_back(i);
 206                         }
 207                 }
 208                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 209
 210                 rav.setLabel(label);
 211                 return rav;
 212         }
 213         catch(exception& e) {
 214                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "getRAbundVector");
 215                 exit(1);
 216         }
 217 }
 218
 219 /***********************************************************************/
 220
 221 SAbundVector SAbundVector::getSAbundVector(){
 222         return *this;
 223 }
 224
 225 /***********************************************************************/
 226
 227 OrderVector SAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL){
 228         try {
 229                 OrderVector ov;
 230
 231                 int binIndex = 0;
 232
 233                 for(int i=1;i<data.size();i++){
 234                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 235                                 for(int k=0;k<i;k++){
 236                                         ov.push_back(binIndex);
 237                                 }
 238                                 binIndex++;
 239                         }
 240                 }
 241
 242                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 243
 244                 ov.setLabel(label);
 245                 ov.getNumBins();
 246                 return ov;
 247         }
 248         catch(exception& e) {
 249                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "getOrderVector");
 250                 exit(1);
 251         }
 252 }
 253
 254 /***********************************************************************/