readsabundfilecommand.cpp

   1 /*
   2  *  readsabundfilecommand.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "readsabundfilecommand.h"
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  12 //**********************************************************************************************************************
  13 ReadSAbundFileCommand::ReadSAbundFileCommand(){
  14         try {
  15                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  16                 filename = globaldata->inputFileName;
  17                 read = new ReadPhilFile(filename);
  18         }
  19         catch(exception& e) {
  20                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ReadSAbundFileCommand class Function ReadSAbundFileCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  21                 exit(1);
  22         }
  23         catch(...) {
  24                 cout << "An unknown error has occurred in the ReadSAbundFileCommand class function ReadSAbundFileCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  25                 exit(1);
  26         }
  27 }
  28
  29 //**********************************************************************************************************************
  30
  31 ReadSAbundFileCommand::~ReadSAbundFileCommand(){
  32         delete read;
  33 }
  34
  35 //**********************************************************************************************************************
  36
  37 int ReadSAbundFileCommand::execute(){
  38         try {
  39                 read->read(&*globaldata);
  40                 return 0;
  41         }
  42         catch(exception& e) {
  43                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ReadSAbundFileCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  44                 exit(1);
  45         }
  46         catch(...) {
  47                 cout << "An unknown error has occurred in the ReadSAbundFileCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  48                 exit(1);
  49         }
  50 }
  51 //**********************************************************************************************************************