readdistphylipfilecommand.h

   1 #ifndef READDISTPHYLIPFILECOMMAND_H
   2 #define READDISTPHYLIPFILECOMMAND_H
   3 /*
   4  *  readdistphylipfilecommand.h
   5  *  Dotur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include <Carbon/Carbon.h>
  13
  14 #include <iostream>
  15 #include <fstream>
  16 #include "command.hpp"
  17 #include "readmatrix.hpp"
  18
  19 /* The read.phylip command is used to read a distance matrix file in phylip format.
  20 The read.phylip command parameter options are distfile, namefile, cutoff and precision.
  21 The read.phylip command should be in the following format: read.phylip(distfile=yourDistFile,
  22 namefile=yourNameFile, cutoff=yourCutoff, precision=yourPrecision). The distfile parameter is required.
  23 If you do not provide a cutoff value 10.00 is assumed. If you do not provide a precision value then 100 is assumed.  */
  24
  25
  26 class NameAssignment;
  27 class GlobalData;
  28
  29
  30 class ReadDistPhylipFileCommand : public Command {
  31 public:
  32         ReadDistPhylipFileCommand();
  33         ~ReadDistPhylipFileCommand();
  34         int execute();
  35
  36 private:
  37         GlobalData* globaldata;
  38         double cutoff;
  39         int precision;
  40         ReadMatrix* read;
  41         string filename, format, method;
  42         NameAssignment* nameMap;
  43 };
  44
  45 #endif