readcluster.h

   1 #ifndef READCLUSTER_H
   2 #define READCLUSTER_H
   3 /*
   4  *  readcluster.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by westcott on 10/28/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
   9  *
  10  */
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  13 #include "mothur.h"
  14 #include "nameassignment.hpp"
  15 #include "listvector.hpp"
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  18 /******************************************************/
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  20 class ReadCluster {
  21
  22 public:
  23         ReadCluster(string, float, string, bool);
  24         ~ReadCluster();
  25         int read(NameAssignment*&);
  26         string getOutputFile() { return OutPutFile; }
  27         void setFormat(string f) { format = f;  }
  28         ListVector* getListVector()             {       return list;    }
  29
  30 private:
  31         string distFile, outputDir;
  32         string OutPutFile, format;
  33         ListVector* list;
  34         float cutoff;
  35         MothurOut* m;
  36         bool sortWanted;
  37
  38         int convertPhylip2Column(NameAssignment*&);
  39 };
  40
  41 /******************************************************/
  42
  43 #endif
  44