rarecalc.h

   1 #ifndef RARECALC_H
   2 #define RARECALC_H
   3 /*
   4  *  rarecalc.h
   5  *  Dotur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/7/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 /* This class is not currently used by Mothur */
  13
  14
  15 #include <Carbon/Carbon.h>
  16 #include "calculator.h"
  17
  18 /***********************************************************************/
  19 class RareCalc {
  20
  21 public:
  22         RareCalc(RAbundVector* b) : bins(b), numSeqs(b->getNumSeqs()), maxRank(b->getMaxRank()), numBins(b->getNumBins()) {     bMatrix = binomial(numSeqs+1);  };
  23         EstOutput getValues(int);
  24         string getName()        {       return "RareCalc";      }
  25 private:
  26         RAbundVector* bins;
  27         vector<vector<double> > bMatrix;
  28         int numSeqs, maxRank, numBins;
  29 };
  30
  31 /***********************************************************************/
  32
  33 #endif