rabundvector.hpp

   1 #ifndef RABUND_H
   2 #define RABUND_H
   3
   4 #include "datavector.hpp"
   5
   6 class RAbundVector : public DataVector {
   7
   8 public:
   9         RAbundVector();
  10         RAbundVector(int);
  11 //      RAbundVector(const RAbundVector&);
  12         RAbundVector(string, vector<int>);
  13         RAbundVector(const RAbundVector& bv) : DataVector(bv), data(bv.data), maxRank(bv.maxRank), numBins(bv.numBins), numSeqs(bv.numSeqs){};
  14         RAbundVector(ifstream&);
  15         ~RAbundVector();
  16
  17         int getNumBins();
  18         int getNumSeqs();
  19         int getMaxRank();
  20
  21         void set(int, int);
  22         int get(int);
  23         void push_back(int);
  24         void pop_back();
  25         void resize(int);
  26         int size();
  27         vector<int>::reverse_iterator rbegin();
  28         vector<int>::reverse_iterator rend();
  29
  30         void print(ostream&);
  31         void print(string, ostream&);
  32
  33         RAbundVector getRAbundVector();
  34         SAbundVector getSAbundVector();
  35         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  36
  37 private:
  38         vector<int> data;
  39         int maxRank;
  40         int numBins;
  41         int numSeqs;
  42 };
  43
  44
  45 #endif