rabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  rabundvector.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9 using namespace std;
  10
  11 #include "datavector.hpp"
  12 #include "utilities.hpp"
  13 #include <exception>
  14 #include "rabundvector.hpp"
  15 #include "sabundvector.hpp"
  16 #include "ordervector.hpp"
  17
  18
  19 /***********************************************************************/
  20
  21 RAbundVector::RAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  22
  23 /***********************************************************************/
  24
  25 RAbundVector::RAbundVector(int n) : DataVector(), data(n,0) , maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  26
  27 /***********************************************************************/
  28
  29 //RAbundVector::RAbundVector(const RAbundVector& rav) : DataVector(rav), data(rav.data), (rav.label),  (rav.maxRank), (rav.numBins), (rav.numSeqs){};
  30
  31
  32 /***********************************************************************/
  33
  34 RAbundVector::RAbundVector(string id, vector<int> rav) : DataVector(id), data(rav) {
  35         try {
  36                 numBins = 0;
  37                 maxRank = 0;
  38                 numSeqs = 0;
  39
  40                 for(int i=0;i<data.size();i++){
  41                         if(data[i] != 0)                {       numBins = i+1;          }
  42                         if(data[i] > maxRank)   {       maxRank = data[i];      }
  43                         numSeqs += data[i];
  44                 }
  45         }
  46         catch(exception& e) {
  47                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  48                 exit(1);
  49         }
  50         catch(...) {
  51                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  52                 exit(1);
  53         }
  54 }
  55
  56
  57 /***********************************************************************/
  58
  59
  60 RAbundVector::RAbundVector(ifstream& f) : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  61         try {
  62                 int hold;
  63                 f >> label >> hold;
  64
  65                 data.assign(hold, 0);
  66                 int inputData;
  67
  68                 for(int i=0;i<hold;i++){
  69                         f >> inputData;
  70                         set(i, inputData);
  71                 }
  72         }
  73         catch(exception& e) {
  74                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  75                 exit(1);
  76         }
  77         catch(...) {
  78                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function RAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  79                 exit(1);
  80         }
  81 }
  82
  83 /***********************************************************************/
  84
  85 RAbundVector::~RAbundVector() {
  86
  87 }
  88
  89 /***********************************************************************/
  90
  91 void RAbundVector::set(int binNumber, int newBinSize){
  92         try {
  93                 int oldBinSize = data[binNumber];
  94                 data[binNumber] = newBinSize;
  95
  96                 if(oldBinSize == 0)                     {       numBins++;                              }
  97                 if(newBinSize == 0)                     {       numBins--;                              }
  98                 if(newBinSize > maxRank)        {       maxRank = newBinSize;   }
  99
 100                 numSeqs += (newBinSize - oldBinSize);
 101         }
 102         catch(exception& e) {
 103                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 104                 exit(1);
 105         }
 106         catch(...) {
 107                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 108                 exit(1);
 109         }
 110 }
 111
 112 /***********************************************************************/
 113
 114 int RAbundVector::get(int index){
 115         return data[index];
 116
 117 }
 118
 119 /***********************************************************************/
 120
 121 void RAbundVector::push_back(int binSize){
 122         try {
 123                 data.push_back(binSize);
 124                 numBins++;
 125
 126                 if(binSize > maxRank){
 127                         maxRank = binSize;
 128                 }
 129
 130                 numSeqs += binSize;
 131         }
 132         catch(exception& e) {
 133                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 134                 exit(1);
 135         }
 136         catch(...) {
 137                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 138                 exit(1);
 139         }
 140 }
 141
 142 /***********************************************************************/
 143
 144 void RAbundVector::pop_back(){
 145
 146         return data.pop_back();
 147 }
 148
 149 /***********************************************************************/
 150
 151 void RAbundVector::resize(int size){
 152
 153         data.resize(size);
 154 }
 155
 156 /***********************************************************************/
 157
 158 int RAbundVector::size(){
 159         return data.size();
 160 }
 161
 162 /***********************************************************************/
 163
 164 vector<int>::reverse_iterator RAbundVector::rbegin(){
 165         return data.rbegin();
 166 }
 167
 168 /***********************************************************************/
 169
 170 vector<int>::reverse_iterator RAbundVector::rend(){
 171         return data.rend();
 172 }
 173
 174 /***********************************************************************/
 175 void RAbundVector::print(string prefix, ostream& output){
 176         try {
 177                 output << prefix << '\t' << numBins << '\t';
 178
 179                 vector<int> hold = data;
 180                 sort(hold.rbegin(), hold.rend());
 181
 182                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << hold[i] << '\t';              }
 183                 output << endl;
 184         }
 185         catch(exception& e) {
 186                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 187                 exit(1);
 188         }
 189         catch(...) {
 190                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 191                 exit(1);
 192         }
 193 }
 194
 195 /***********************************************************************/
 196 void RAbundVector::print(ostream& output){
 197         try {
 198                 output << label << '\t' << numBins << '\t';
 199
 200                 vector<int> hold = data;
 201                 sort(hold.rbegin(), hold.rend());
 202
 203                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << hold[i] << '\t';              }
 204                 output << endl;
 205         }
 206         catch(exception& e) {
 207                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 208                 exit(1);
 209         }
 210         catch(...) {
 211                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 212                 exit(1);
 213         }
 214 }
 215
 216 /***********************************************************************/
 217 int RAbundVector::getNumBins(){
 218         return numBins;
 219 }
 220
 221 /***********************************************************************/
 222
 223 int RAbundVector::getNumSeqs(){
 224         return numSeqs;
 225 }
 226
 227 /***********************************************************************/
 228
 229 int RAbundVector::getMaxRank(){
 230         return maxRank;
 231 }
 232
 233 /***********************************************************************/
 234
 235 RAbundVector RAbundVector::getRAbundVector(){
 236         return *this;
 237 }
 238
 239 /***********************************************************************/
 240
 241 SAbundVector RAbundVector::getSAbundVector() {
 242         try {
 243                 SAbundVector sav(maxRank+1);
 244
 245                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 246                         int abund = data[i];
 247                         sav.set(abund, sav.get(abund) + 1);
 248                 }
 249                 sav.set(0, 0);
 250                 sav.setLabel(label);
 251                 return sav;
 252         }
 253         catch(exception& e) {
 254                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 255                 exit(1);
 256         }
 257         catch(...) {
 258                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 259                 exit(1);
 260         }
 261 }
 262
 263 /***********************************************************************/
 264
 265 OrderVector RAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* nameMap = NULL) {
 266         try {
 267                 OrderVector ov;
 268
 269                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 270                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 271                                 ov.push_back(i);
 272                         }
 273                 }
 274                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 275
 276                 ov.setLabel(label);
 277                 return ov;
 278         }
 279         catch(exception& e) {
 280                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the RAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 281                 exit(1);
 282         }
 283         catch(...) {
 284                 cout << "An unknown error has occurred in the RAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 285                 exit(1);
 286         }
 287 }
 288
 289 /***********************************************************************/