phylotype.cpp

   1 /*
   2  *  phylotype.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by westcott on 11/3/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
   7  *
   8  */
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  10 #include "phylotype.h"
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  12 /**************************************************************************************************/
  13 PhyloType::PhyloType(string tfile, string tempFile, string method, int kmerSize, int gapOpen, int gapExtend, int match, int misMatch)
  14 : Classify(tfile, tempFile, method, kmerSize, gapOpen, gapExtend, match, misMatch)  {}
  15 /**************************************************************************************************/
  16 string PhyloType::getTaxonomy(Sequence* seq) {
  17         try {
  18                 string tax;
  19
  20                 //use database to find closest seq
  21                 vector<int> closest = database->findClosestSequences(seq, 1);
  22
  23                 //find that sequences taxonomy in map
  24                 it = taxonomy.find(names[closest[0]]);
  25
  26                 //is this sequence in the taxonomy file
  27                 if (it == taxonomy.end()) { //error not in file
  28                         mothurOut("Error: sequence " + names[closest[0]] + " is not in the taxonomy file.  It is the closest match to sequence " + seq->getName() + ". " + seq->getName() + " will be disregarded."); mothurOutEndLine();
  29                         tax = "bad seq";
  30                 }else {
  31                         tax = it->second;
  32                 }
  33
  34                 return tax;
  35         }
  36         catch(exception& e) {
  37                 errorOut(e, "PhyloType", "getTaxonomy");
  38                 exit(1);
  39         }
  40 }
  41 /**************************************************************************************************/
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