parselistcommand.h

   1 #ifndef PARSELISTCOMMAND_H
   2 #define PARSELISTCOMMAND_H
   3 /*
   4  *  parselistcommand.h
   5  *  Dotur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 1/2/09.
   8  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include <Carbon/Carbon.h>
  13 #include <iostream>
  14 #include <fstream>
  15 #include <map>
  16 #include "command.hpp"
  17 #include "rabundvector.hpp"
  18 #include "listvector.hpp"
  19 #include "inputdata.h"
  20 #include "groupmap.h"
  21 #include "readmatrix.hpp"
  22
  23
  24 /* The parselist() command:
  25         The parselist command is similar to the shared command.
  26         It parses a list file and separates it into groups.   It outputs a .list file for each group.
  27         The parselist command parameter options are listfile and groupfile.
  28         The parselist command should be in the following format: parselist(listfile=yourListFile, groupfile=yourGroupFile).
  29         The listfile parameter and groupfile paramater are required.  */
  30
  31 class GlobalData;
  32
  33 class ParseListCommand : public Command {
  34
  35 public:
  36         ParseListCommand();
  37         ~ParseListCommand();
  38         int execute();
  39
  40 private:
  41         GlobalData* globaldata;
  42         GroupMap* groupMap;
  43         InputData* input;
  44         ReadMatrix* read;
  45         map<string, ofstream*> filehandles;
  46         map<string, ListVector*> groupOfLists;
  47         ListVector* list;
  48         map<string, string> listGroups; //maps group name to sequences from that group in a specific OTU
  49         map<string, string>::iterator it;
  50         map<string, ListVector*>::iterator it2;
  51         map<string, ofstream*>::iterator it3;
  52         void parse(int);
  53         string fileroot;
  54 };
  55
  56 #endif