parsefastaqcommand.h

   1 #ifndef PARSEFASTAQCOMMAND_H
   2 #define PARSEFASTAQCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  parsefastaqcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 9/30/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "trimoligos.h"
  16 #include "sequence.hpp"
  17 #include "groupmap.h"
  18
  19 struct fastqRead2 {
  20     string quality;
  21         Sequence seq;
  22     string wholeRead;
  23
  24         fastqRead2() {  };
  25         fastqRead2(Sequence s, string q, string w) : seq(s), quality(q), wholeRead(w){};
  26         ~fastqRead2() {};
  27 };
  28
  29
  30 class ParseFastaQCommand : public Command {
  31
  32 public:
  33         ParseFastaQCommand(string);
  34         ParseFastaQCommand();
  35         ~ParseFastaQCommand() {}
  36
  37         vector<string> setParameters();
  38         string getCommandName()                 { return "fastq.info";          }
  39         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing"; }
  40
  41         string getHelpString();
  42     string getOutputPattern(string);
  43         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Parse.fastq"; }
  44         string getDescription()         { return "reads a fastq file and creates a fasta and quality file"; }
  45
  46
  47         int execute();
  48         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  49 private:
  50
  51         vector<string> outputNames;
  52         string outputDir, fastaQFile, format, oligosfile, groupfile;
  53         bool abort, fasta, qual, pacbio, pairedOligos;
  54     int pdiffs, bdiffs, ldiffs, sdiffs, tdiffs, split;
  55     GroupMap* groupMap;
  56
  57     //oligos file data structures
  58     vector<string> linker, spacer, primerNameVector, barcodeNameVector, revPrimer;
  59         map<string, int> barcodes;
  60         map<string, int> primers;
  61     map<int, oligosPair> pairedBarcodes;
  62     map<int, oligosPair> pairedPrimers;
  63     vector<vector<string> > fastqFileNames;
  64     string noMatchFile;
  65
  66         vector<int> convertQual(string);
  67     vector<char> convertTable;
  68     bool readOligos(string oligosFile);
  69     bool readGroup(string oligosFile);
  70     string reverseOligo(string oligo);
  71     fastqRead2 readFastq(ifstream&, bool&);
  72     int findGroup(fastqRead2, int&, int&, TrimOligos*&, int, int);
  73     int findGroup(fastqRead2, int&, int&, string);
  74
  75 };
  76
  77 #endif
  78
  79