parsefastaqcommand.h

   1 #ifndef PARSEFASTAQCOMMAND_H
   2 #define PARSEFASTAQCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  parsefastaqcommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 9/30/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13
  14 #include "command.hpp"
  15 #include "trimoligos.h"
  16 #include "sequence.hpp"
  17 #include "groupmap.h"
  18 #include "oligos.h"
  19
  20 struct fastqRead2 {
  21     string quality;
  22         Sequence seq;
  23     string wholeRead;
  24
  25         fastqRead2() {  };
  26         fastqRead2(Sequence s, string q, string w) : seq(s), quality(q), wholeRead(w){};
  27         ~fastqRead2() {};
  28 };
  29
  30
  31 class ParseFastaQCommand : public Command {
  32
  33 public:
  34         ParseFastaQCommand(string);
  35         ParseFastaQCommand();
  36         ~ParseFastaQCommand() {}
  37
  38         vector<string> setParameters();
  39         string getCommandName()                 { return "fastq.info";          }
  40         string getCommandCategory()             { return "Sequence Processing"; }
  41
  42         string getHelpString();
  43     string getOutputPattern(string);
  44         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Parse.fastq"; }
  45         string getDescription()         { return "reads a fastq file and creates a fasta and quality file"; }
  46
  47
  48         int execute();
  49         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
  50 private:
  51
  52         vector<string> outputNames;
  53         string outputDir, fastaQFile, format, oligosfile, groupfile;
  54         bool abort, fasta, qual, pacbio, pairedOligos, reorient;
  55     int pdiffs, bdiffs, ldiffs, sdiffs, tdiffs, split, numBarcodes, numPrimers, numLinkers, numSpacers, numRPrimers;
  56     GroupMap* groupMap;
  57     Oligos oligos;
  58
  59     vector<vector<string> > fastqFileNames;
  60     string noMatchFile;
  61
  62         vector<int> convertQual(string);
  63     vector<char> convertTable;
  64     bool readOligos(string oligosFile);
  65     bool readGroup(string oligosFile);
  66     fastqRead2 readFastq(ifstream&, bool&);
  67     int findGroup(fastqRead2, int&, int&, TrimOligos*&, TrimOligos*&, int, int);
  68     int findGroup(fastqRead2, int&, int&, string);
  69
  70 };
  71
  72 #endif
  73
  74