ordervector.hpp

   1 #ifndef ORDER_H
   2 #define ORDER_H
   3
   4 #include "datavector.hpp"
   5 #include "sabundvector.hpp"
   6 #include "rabundvector.hpp"
   7
   8
   9 class OrderVector : public DataVector {
  10
  11 public:
  12         OrderVector();
  13 //      OrderVector(int);
  14 //      OrderVector(const OrderVector& ov);
  15         OrderVector(int ns, int nb=0, int mr=0) : DataVector(), data(ns, -1), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  16         OrderVector(const OrderVector& ov)      : DataVector(ov.label), data(ov.data), maxRank(ov.maxRank), numBins(ov.numBins), numSeqs(ov.numSeqs), needToUpdate(ov.needToUpdate) {if(needToUpdate == 1){     updateStats();}};
  17
  18
  19         OrderVector(string, vector<int>);
  20         OrderVector(ifstream&);
  21         ~OrderVector(){};
  22
  23         void set(int, int);
  24         int get(int);
  25         void push_back(int);
  26         void resize(int);
  27         int size();
  28         void print(string, ostream&);
  29         vector<int>::iterator begin();
  30         vector<int>::iterator end();
  31
  32         void print(ostream&);
  33
  34         int getNumBins();
  35         int getNumSeqs();
  36         int getMaxRank();
  37
  38         RAbundVector getRAbundVector();
  39         SAbundVector getSAbundVector();
  40         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  41
  42 private:
  43         vector<int> data;
  44         int maxRank;
  45         int numBins;
  46         int numSeqs;
  47         bool needToUpdate;
  48         void updateStats();
  49 };
  50
  51 #endif