ordervector.cpp

   1 /*
   2  *  order.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "ordervector.hpp"
  11
  12
  13 /***********************************************************************/
  14
  15 OrderVector::OrderVector() : DataVector() {}
  16
  17 /***********************************************************************/
  18
  19 //OrderVector::OrderVector(int ns) : DataVector(), data(ns, -1) {}
  20
  21 /***********************************************************************/
  22
  23 OrderVector::OrderVector(string id, vector<int> ov) :
  24                                                                                         DataVector(id), data(ov)
  25 {
  26         updateStats();
  27 }
  28
  29 /***********************************************************************/
  30
  31 OrderVector::OrderVector(ifstream& f) : DataVector() {
  32         try {
  33                 int hold;
  34
  35                 f >> label;
  36                 f >> hold;
  37
  38                 data.assign(hold, -1);
  39
  40                 int inputData;
  41
  42                 for(int i=0;i<hold;i++){
  43                         f >> inputData;
  44                         set(i, inputData);
  45                 }
  46
  47                 updateStats();
  48         }
  49         catch(exception& e) {
  50                 m->errorOut(e, "OrderVector", "OrderVector");
  51                 exit(1);
  52         }
  53 }
  54
  55 /***********************************************************************/
  56
  57
  58 int OrderVector::getNumBins(){
  59         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  60         return numBins;
  61 }
  62
  63 /***********************************************************************/
  64
  65 int OrderVector::getNumSeqs(){
  66         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  67         return numSeqs;
  68 }
  69
  70 /***********************************************************************/
  71
  72 int OrderVector::getMaxRank(){
  73         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  74         return maxRank;
  75 }
  76
  77 /***********************************************************************/
  78
  79
  80
  81 void OrderVector::set(int index, int binNumber){
  82
  83         data[index] = binNumber;
  84         needToUpdate = 1;
  85
  86 }
  87
  88 /***********************************************************************/
  89
  90 int OrderVector::get(int index){
  91         return data[index];
  92 }
  93
  94 /***********************************************************************/
  95
  96 void OrderVector::push_back(int index){
  97
  98         data.push_back(index);
  99         needToUpdate = 1;
 100
 101 }
 102
 103 /***********************************************************************/
 104
 105 void OrderVector::print(ostream& output){
 106         try {
 107                 output << label << '\t' << numSeqs << '\t';
 108
 109                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 110                         output << data[i] << '\t';
 111                 }
 112                 output << endl;
 113         }
 114         catch(exception& e) {
 115                 m->errorOut(e, "OrderVector", "print");
 116                 exit(1);
 117         }
 118 }
 119
 120 /***********************************************************************/
 121
 122 void OrderVector::print(string prefix, ostream& output){
 123         try {
 124                 output << prefix << '\t' << numSeqs << '\t';
 125
 126                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 127                         output << data[i] << '\t';
 128                 }
 129                 output << endl;
 130         }
 131         catch(exception& e) {
 132                 m->errorOut(e, "OrderVector", "print");
 133                 exit(1);
 134         }
 135 }
 136
 137 /***********************************************************************/
 138
 139 void OrderVector::resize(int){
 140         m->mothurOut("resize() did nothing in class OrderVector");
 141 }
 142
 143 /***********************************************************************/
 144
 145 int OrderVector::size(){
 146         return data.size();
 147 }
 148
 149 /***********************************************************************/
 150
 151 vector<int>::iterator OrderVector::begin(){
 152         return data.begin();
 153 }
 154
 155 /***********************************************************************/
 156
 157 vector<int>::iterator OrderVector::end(){
 158         return data.end();
 159 }
 160
 161 /***********************************************************************/
 162
 163 RAbundVector OrderVector::getRAbundVector(){
 164         try {
 165                 RAbundVector rav(data.size());
 166
 167                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 168                         rav.set(data[i], rav.get(data[i]) + 1);
 169                 }
 170                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 171                 for(int i=numSeqs-1;i>=0;i--){
 172                         if(rav.get(i) == 0){    rav.pop_back(); }
 173                         else{
 174                                 break;
 175                         }
 176                 }
 177                 rav.setLabel(label);
 178
 179                 return rav;
 180         }
 181         catch(exception& e) {
 182                 m->errorOut(e, "OrderVector", "getRAbundVector");
 183                 exit(1);
 184         }
 185 }
 186
 187 /***********************************************************************/
 188
 189 SAbundVector OrderVector::getSAbundVector(){
 190
 191         RAbundVector rav(this->getRAbundVector());
 192         return rav.getSAbundVector();
 193
 194 }
 195
 196 /***********************************************************************/
 197
 198 OrderVector OrderVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = 0){
 199         return *this;
 200 }
 201
 202 /***********************************************************************/
 203
 204 void OrderVector::updateStats(){
 205         try {
 206                 needToUpdate = 0;
 207         //      int maxBinVectorLength = 0;
 208                 numSeqs = 0;
 209                 numBins = 0;
 210                 maxRank = 0;
 211
 212                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 213                         if(data[i] != -1){
 214                                 numSeqs++;
 215                         }
 216                 }
 217
 218                 vector<int> hold(numSeqs);
 219
 220                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 221                         if(data[i] != -1){
 222                                 hold[data[i]] = hold[data[i]]+1;
 223                         }
 224                 }
 225                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 226                         if(hold[i] > 0)                 {       numBins++;                      }
 227                         if(hold[i] > maxRank)   {       maxRank = hold[i];      }
 228                 }
 229         }
 230         catch(exception& e) {
 231                 m->errorOut(e, "OrderVector", "updateStats");
 232                 exit(1);
 233         }
 234 }
 235
 236 /***********************************************************************/
 237