ordervector.cpp

   1 /*
   2  *  order.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 using namespace std;
  11
  12 #include "ordervector.hpp"
  13 #include "datavector.hpp"
  14 #include "utilities.hpp"
  15 #include <exception>
  16
  17 /***********************************************************************/
  18
  19 OrderVector::OrderVector() : DataVector() {}
  20
  21 /***********************************************************************/
  22
  23 //OrderVector::OrderVector(int ns) : DataVector(), data(ns, -1) {};
  24
  25 /***********************************************************************/
  26
  27 OrderVector::OrderVector(string id, vector<int> ov) :
  28                                                                                         DataVector(id), data(ov)
  29 {
  30         updateStats();
  31 }
  32
  33 /***********************************************************************/
  34
  35 OrderVector::OrderVector(ifstream& f) : DataVector() {
  36         try {
  37                 int hold;
  38
  39                 f >> label;
  40                 f >> hold;
  41
  42                 data.assign(hold, -1);
  43
  44                 int inputData;
  45
  46                 for(int i=0;i<hold;i++){
  47                         f >> inputData;
  48                         set(i, inputData);
  49                 }
  50
  51                 updateStats();
  52         }
  53         catch(exception& e) {
  54                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function OrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  55                 exit(1);
  56         }
  57         catch(...) {
  58                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function OrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  59                 exit(1);
  60         }
  61 }
  62
  63 /***********************************************************************/
  64
  65
  66 int OrderVector::getNumBins(){
  67         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  68         return numBins;
  69 }
  70
  71 /***********************************************************************/
  72
  73 int OrderVector::getNumSeqs(){
  74         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  75         return numSeqs;
  76 }
  77
  78 /***********************************************************************/
  79
  80 int OrderVector::getMaxRank(){
  81         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  82         return maxRank;
  83 }
  84
  85 /***********************************************************************/
  86
  87
  88
  89 void OrderVector::set(int index, int binNumber){
  90
  91         data[index] = binNumber;
  92         needToUpdate = 1;
  93
  94 }
  95
  96 /***********************************************************************/
  97
  98 int OrderVector::get(int index){
  99         return data[index];
 100 }
 101
 102 /***********************************************************************/
 103
 104 void OrderVector::push_back(int index){
 105
 106         data.push_back(index);
 107         needToUpdate = 1;
 108
 109 }
 110
 111 /***********************************************************************/
 112
 113 void OrderVector::print(ostream& output){
 114         try {
 115                 output << label << '\t' << numSeqs << '\t';
 116
 117                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 118                         output << data[i] << '\t';
 119                 }
 120                 output << endl;
 121         }
 122         catch(exception& e) {
 123                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 124                 exit(1);
 125         }
 126         catch(...) {
 127                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 128                 exit(1);
 129         }
 130 }
 131
 132 /***********************************************************************/
 133
 134 void OrderVector::print(string prefix, ostream& output){
 135         try {
 136                 output << prefix << '\t' << numSeqs << '\t';
 137
 138                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 139                         output << data[i] << '\t';
 140                 }
 141                 output << endl;
 142         }
 143         catch(exception& e) {
 144                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 145                 exit(1);
 146         }
 147         catch(...) {
 148                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 149                 exit(1);
 150         }
 151 }
 152
 153 /***********************************************************************/
 154
 155 void OrderVector::resize(int){
 156         cout << "resize() did nothing in class OrderVector";
 157 }
 158
 159 /***********************************************************************/
 160
 161 int OrderVector::size(){
 162         return data.size();
 163 }
 164
 165 /***********************************************************************/
 166
 167 vector<int>::iterator OrderVector::begin(){
 168         return data.begin();
 169 }
 170
 171 /***********************************************************************/
 172
 173 vector<int>::iterator OrderVector::end(){
 174         return data.end();
 175 }
 176
 177 /***********************************************************************/
 178
 179 RAbundVector OrderVector::getRAbundVector(){
 180         try {
 181                 RAbundVector rav(data.size());
 182
 183                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 184                         rav.set(data[i], rav.get(data[i]) + 1);
 185                 }
 186                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 187                 for(int i=numSeqs-1;i>=0;i--){
 188                         if(rav.get(i) == 0){    rav.pop_back(); }
 189                         else{
 190                                 break;
 191                         }
 192                 }
 193                 rav.setLabel(label);
 194
 195                 return rav;
 196         }
 197         catch(exception& e) {
 198                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 199                 exit(1);
 200         }
 201         catch(...) {
 202                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 203                 exit(1);
 204         }
 205 }
 206
 207 /***********************************************************************/
 208
 209 SAbundVector OrderVector::getSAbundVector(){
 210
 211         RAbundVector rav(this->getRAbundVector());
 212         return rav.getSAbundVector();
 213
 214 }
 215
 216 /***********************************************************************/
 217
 218 OrderVector OrderVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = 0){
 219         return *this;
 220 }
 221
 222 /***********************************************************************/
 223
 224 void OrderVector::updateStats(){
 225         try {
 226                 needToUpdate = 0;
 227         //      int maxBinVectorLength = 0;
 228                 numSeqs = 0;
 229                 numBins = 0;
 230                 maxRank = 0;
 231
 232                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 233                         if(data[i] != -1){
 234                                 numSeqs++;
 235                         }
 236                 }
 237
 238                 vector<int> hold(numSeqs);
 239
 240                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 241                         if(data[i] != -1){
 242                                 hold[data[i]] = hold[data[i]]+1;
 243                         }
 244                 }
 245                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 246                         if(hold[i] > 0)                 {       numBins++;                      }
 247                         if(hold[i] > maxRank)   {       maxRank = hold[i];      }
 248                 }
 249         }
 250         catch(exception& e) {
 251                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the OrderVector class Function updateStats. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 252                 exit(1);
 253         }
 254         catch(...) {
 255                 cout << "An unknown error has occurred in the OrderVector class function updateStats. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 256                 exit(1);
 257         }
 258 }
 259
 260 /***********************************************************************/
 261