optionparser.cpp

   1 /*
   2  *  optionparser.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 6/8/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "optionparser.h"
  11
  12 /***********************************************************************/
  13
  14 OptionParser::OptionParser(string option) {
  15         try {
  16                 m = MothurOut::getInstance();
  17                 if (option != "") {
  18
  19                         string key, value;
  20                         //reads in parameters and values
  21                         while((option.find_first_of(',') != -1)) {  //while there are parameters
  22                                 splitAtComma(value, option);
  23                                 splitAtEquals(key, value);
  24                                 parameters[key] = value;
  25                         }
  26
  27                         //in case there is no comma and to get last parameter after comma
  28                         splitAtEquals(key, option);
  29                         parameters[key] = option;
  30                 }
  31         }
  32         catch(exception& e) {
  33                 m->errorOut(e, "OptionParser", "parse");
  34                 exit(1);
  35         }
  36 }
  37
  38 /***********************************************************************/
  39
  40 map<string, string> OptionParser::getParameters() {     return parameters;      }
  41
  42 /***********************************************************************/