oligos.h

   1 //
   2 //  oligos.h
   3 //  Mothur
   4 //
   5 //  Created by Sarah Westcott on 4/4/14.
   6 //  Copyright (c) 2014 Schloss Lab. All rights reserved.
   7 //
   8
   9 #ifndef Mothur_oligos_h
  10 #define Mothur_oligos_h
  11
  12
  13 #include "mothurout.h"
  14
  15
  16 /**************************************************************************************************/
  17
  18 class Oligos {
  19
  20 public:
  21         Oligos(string);
  22         Oligos();
  23     ~Oligos() {}
  24
  25     int read(string);
  26     int read(string, bool); //read without reversing the paired barcodes, for make.contigs.
  27     bool hasPairedPrimers() { return hasPPrimers; }
  28     bool hasPairedBarcodes() { return hasPBarcodes; }
  29
  30     //for processing with trimOligos class
  31     map<int, oligosPair> getPairedPrimers()                 { return pairedPrimers;     }
  32     map<int, oligosPair> getPairedBarcodes()                { return pairedBarcodes;    }
  33     map<string, int> getPrimers()                           { return primers;           }
  34     map<string, int> getBarcodes()                          { return barcodes;          }
  35
  36     map<int, oligosPair> getReorientedPairedPrimers();
  37     map<int, oligosPair> getReorientedPairedBarcodes();
  38     map<string, int> getReorientedPrimers();
  39     map<string, int> getReorientedBarcodes();
  40
  41
  42     vector<string> getLinkers()                             { return linker;            }
  43     vector<string> getSpacers()                             { return spacer;            }
  44     vector<string> getReversePrimers()                      { return revPrimer;         }
  45     vector<string> getPrimerNames()                         { return primerNameVector;  }
  46     vector<string> getBarcodeNames()                        { return barcodeNameVector; }
  47     vector<string> getGroupNames()                          { return Groups;            }
  48
  49
  50     //for printing and other formatting uses
  51     vector<string> getBarcodes(string); //get barcodes for a group. For paired barcodes will return forward.reverse
  52     vector<string> getPrimers(string); //get primers for a group. For paired primers will return forward.reverse
  53     string getBarcodeName(int);
  54     string getPrimerName(int);
  55     string getGroupName(int, int);
  56
  57
  58 private:
  59
  60     set<string> uniqueNames;
  61     vector<string> Groups;
  62         vector<string> revPrimer;
  63     map<string, vector<string> > Group2Barcode;
  64     map<string, vector<string> > Group2Primer;
  65     map<int, oligosPair> pairedBarcodes;
  66     map<int, oligosPair> pairedPrimers;
  67     map<string, int> primers;
  68         map<string, int> barcodes;
  69     vector<string>  linker;
  70     vector<string>  spacer;
  71         vector<string> primerNameVector;
  72         vector<string> barcodeNameVector;
  73     bool hasPPrimers, hasPBarcodes, pairedOligos, reversePairs;
  74     string oligosfile;
  75     int numBarcodes, numFPrimers;
  76     MothurOut* m;
  77
  78     int indexPrimer;
  79     int indexBarcode;
  80     int indexPairedPrimer;
  81     int indexPairedBarcode;
  82     set<string> uniquePrimers;
  83     set<string> uniqueBarcodes;
  84
  85     int readOligos();
  86     string reverseOligo(string);
  87 };
  88
  89 /**************************************************************************************************/
  90
  91
  92 #endif