nastreport.cpp

   1 /*
   2  *  nastreport.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 12/19/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sequence.hpp"
  11 #include "nast.hpp"
  12 #include "alignment.hpp"
  13 #include "nastreport.hpp"
  14
  15
  16 /******************************************************************************************************************/
  17
  18 NastReport::NastReport() {
  19         output = "";
  20 }
  21 /******************************************************************************************************************/
  22 string NastReport::getHeaders() {
  23         output = "";
  24
  25         output += "QueryName\tQueryLength\tTemplateName\tTemplateLength\t";
  26         output += "SearchMethod\tSearchScore\t";
  27         output += "AlignmentMethod\tQueryStart\tQueryEnd\tTemplateStart\tTemplateEnd\t";
  28         output += "PairwiseAlignmentLength\tGapsInQuery\tGapsInTemplate\t";
  29         output += "LongestInsert\t";
  30         output += "SimBtwnQuery&Template\n";
  31
  32         return output;
  33 }
  34 /******************************************************************************************************************/
  35
  36 NastReport::NastReport(string candidateReportFName) {
  37         openOutputFile(candidateReportFName, candidateReportFile);
  38
  39         candidateReportFile << "QueryName\tQueryLength\tTemplateName\tTemplateLength\t";
  40         candidateReportFile << "SearchMethod\tSearchScore\t";
  41         candidateReportFile << "AlignmentMethod\tQueryStart\tQueryEnd\tTemplateStart\tTemplateEnd\t";
  42         candidateReportFile << "PairwiseAlignmentLength\tGapsInQuery\tGapsInTemplate\t";
  43         candidateReportFile << "LongestInsert\t";
  44         candidateReportFile << "SimBtwnQuery&Template" << endl;
  45 }
  46
  47 /******************************************************************************************************************/
  48
  49 NastReport::~NastReport() {
  50         candidateReportFile.close();
  51 }
  52
  53 /******************************************************************************************************************/
  54
  55 void NastReport::print(){
  56
  57         candidateReportFile << queryName << '\t' << queryLength << '\t' << templateName << '\t' << templateLength << '\t';
  58         candidateReportFile << searchMethod << '\t' << setprecision(2) << fixed << searchScore << '\t';
  59
  60         candidateReportFile << alignmentMethod << '\t' << candidateStartPosition << "\t" << candidateEndPosition << '\t';
  61         candidateReportFile << templateStartPosition << "\t" << templateEndPosition << '\t';
  62         candidateReportFile << pairwiseAlignmentLength << '\t' << totalGapsInQuery << '\t' << totalGapsInTemplate << '\t';
  63         candidateReportFile << longestInsert << '\t';
  64         candidateReportFile << setprecision(2) << similarityToTemplate;
  65
  66         candidateReportFile << endl;
  67         candidateReportFile.flush();
  68 }
  69 /******************************************************************************************************************/
  70
  71 string NastReport::getReport(){
  72
  73         output = "";
  74
  75         output += queryName + '\t' + toString(queryLength) + '\t' + templateName + '\t' + toString(templateLength) + '\t';
  76
  77         string temp = toString(searchScore);
  78         int pos = temp.find_last_of('.');  //find deicmal point if their is one
  79
  80         //if there is a decimal
  81         if (pos != -1) { temp = temp.substr(0, pos+3); } //set precision to 2 places
  82         else{   temp += ".00";  }
  83
  84         output += searchMethod + '\t' + temp + '\t';
  85         output += alignmentMethod + '\t' + toString(candidateStartPosition) + "\t" + toString(candidateEndPosition) + '\t';
  86         output += toString(templateStartPosition) + "\t" + toString(templateEndPosition) + '\t';
  87         output += toString(pairwiseAlignmentLength) + '\t' + toString(totalGapsInQuery) + '\t' + toString(totalGapsInTemplate) + '\t';
  88         output += toString(longestInsert) + '\t';
  89
  90         temp = toString(similarityToTemplate);
  91         pos = temp.find_last_of('.');  //find deicmal point if their is one
  92
  93         //if there is a decimal
  94         if (pos != -1) { temp = temp.substr(0, pos+3); } //set precision to 2 places
  95         else{   temp += ".00";  }
  96
  97         output += temp + '\n';
  98
  99         return output;
 100 }
 101
 102 /******************************************************************************************************************/
 103
 104 void NastReport::setCandidate(Sequence* candSeq){
 105         queryName = candSeq->getName();
 106         queryLength = candSeq->getNumBases();
 107 }
 108
 109 /******************************************************************************************************************/
 110
 111 void NastReport::setTemplate(Sequence* tempSeq){
 112         templateName = tempSeq->getName();
 113         templateLength = tempSeq->getNumBases();
 114 }
 115
 116 /******************************************************************************************************************/
 117
 118 void NastReport::setSearchParameters(string method, float score){
 119         searchMethod = method;
 120         searchScore = score;
 121 }
 122
 123 /******************************************************************************************************************/
 124
 125 void NastReport::setAlignmentParameters(string method, Alignment* align){
 126         alignmentMethod = method;
 127
 128         candidateStartPosition = align->getCandidateStartPos();
 129         candidateEndPosition = align->getCandidateEndPos();
 130         templateStartPosition = align->getTemplateStartPos();
 131         templateEndPosition = align->getTemplateEndPos();
 132         pairwiseAlignmentLength = align->getPairwiseLength();
 133
 134         totalGapsInQuery = pairwiseAlignmentLength - (candidateEndPosition - candidateStartPosition + 1);
 135         totalGapsInTemplate = pairwiseAlignmentLength - (templateEndPosition - templateStartPosition + 1);
 136 }
 137
 138 /******************************************************************************************************************/
 139
 140 void NastReport::setNastParameters(Nast nast){
 141
 142         longestInsert = nast.getMaxInsertLength();
 143         similarityToTemplate = nast.getSimilarityScore();
 144
 145 }
 146
 147 /******************************************************************************************************************/