nameassignment.cpp

   1 using namespace std;
   2
   3 #include <string>
   4 #include <map>
   5 #include <exception>
   6
   7 #include "nameassignment.hpp"
   8
   9 //**********************************************************************************************************************
  10
  11 NameAssignment::NameAssignment(string nameMapFile){
  12
  13         openInputFile(nameMapFile, fileHandle);
  14
  15 }
  16
  17 //**********************************************************************************************************************
  18
  19 void NameAssignment::readMap(int colA, int colB){
  20         try{
  21                 string firstCol, secondCol, skip;
  22         //      int index = 0;
  23
  24                 int skipNCols = colB-colA-1;
  25
  26                 map<string, string> data;
  27
  28                 while(fileHandle){
  29                         fileHandle >> firstCol;                         //read from first column
  30
  31                         for(int i=0;i<skipNCols;i++){           //allows for anticipated file format
  32                                 fileHandle >> skip;
  33                         }
  34
  35                         fileHandle >> secondCol;                        //read from second column
  36
  37                         data[firstCol] = secondCol;                     //store data in map
  38
  39                         gobble(fileHandle);
  40                 }
  41                 fileHandle.close();
  42
  43                 int rowIndex = 0;
  44                 map<string, string>::iterator it = data.begin();
  45                 for(it;it!=data.end();it++){
  46                         list.push_back(it->second);             //adds data's value to list
  47                         (*this)[it->first] = rowIndex;
  48                         rowIndex++;
  49                 }
  50         }
  51         catch(exception& e) {
  52                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the NameAssignment class Function readMap. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  53                 exit(1);
  54         }
  55         catch(...) {
  56                 cout << "An unknown error has occurred in the NameAssignment class function readMap. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  57                 exit(1);
  58         }
  59 }
  60
  61 //**********************************************************************************************************************
  62
  63 ListVector NameAssignment::getListVector(void){
  64
  65         return list;
  66
  67 }
  68
  69 //**********************************************************************************************************************
  70
  71 void NameAssignment::print(void){
  72         try {
  73                 map<string,int>::iterator it = (*this).begin();
  74                 for(it;it!=(*this).end();it++){
  75                         cout << it->first << '\t' << it->second << endl;  //prints out keys and values of the map this.
  76                 }
  77         }
  78         catch(exception& e) {
  79                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the NameAssignment class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  80                 exit(1);
  81         }
  82         catch(...) {
  83                 cout << "An unknown error has occurred in the NameAssignment class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  84                 exit(1);
  85         }
  86 }
  87
  88 //**********************************************************************************************************************
  89
  90 int NameAssignment::get(string key){
  91
  92         return  (*this)[key];
  93
  94 }
  95
  96 //**********************************************************************************************************************
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