mothurmetastats.h

   1 #ifndef MOTHUR_METASTATS
   2 #define MOTHUR_METASTATS
   3
   4 /*
   5  *  mothurmetastats.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 7/6/11.
   9  *  Copyright 2011 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
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  14 #include "mothurout.h"
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  16 class MothurMetastats {
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  18         public:
  19                 MothurMetastats(double, int); //threshold, numPermutations
  20                 ~MothurMetastats();
  21
  22                 int runMetastats(string, vector< vector<double> >&, int); //outputFileName, data, secondGroupingStart
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  24         private:
  25                 MothurOut* m;
  26                 int row, column, numPermutations;
  27                 double threshold;
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  29                 int start(vector<double>&, int, vector<double>&, vector< vector<double> >&); //Find the initial values for the matrix
  30                 int meanvar(vector<double>&, int, vector<double>&);
  31                 int testp(vector<double>&, vector<double>&, vector<double>&, int, vector<double>&, vector<double>&);
  32                 int permute_matrix(vector<double>&, vector<double>&, int, vector<double>&, vector<double>&, vector<double>&);
  33                 int permute_array(vector<int>&);
  34                 int calc_twosample_ts(vector<double>&, int, vector<double>&, vector<double>&, vector<double>&);
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  39 };
  40
  41         //void testp(double *permuted_ttests,int *B,double *permuted,double
  42                 //         *Imatrix,int *nc,int *nr,int *g,double *Tinitial,double *ps);
  43         //void permute_matrix(double *Imatrix,int *nc,int *nr,double
  44                                         //      *permuted,int *g,double *trial_ts,double *Tinitial,double
  45                                         //      *counter);
  46         //void permute_array(int *array, int n);
  47         //void calc_twosample_ts(double *Pmatrix,int *g,int *nc,int *nr,double
  48         //                                         *Ts,double *Tinitial,double *counter1);
  49         //void meanvar(double *pmatrix,int *g,int *nr,int *nc,double *storage);
  50         //void start(double *Imatrix,int *g,int *nr,int *nc,double *testing,
  51         //                 double storage[][9]);
  52
  53         //int metastat_main (char*, int, int, double, int, double**, int);
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  56 #endif
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