mothur.cpp

   1 /*
   2  *  interface.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/14/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9 #include <string>
  10 #include <iostream>
  11 #include <iomanip>
  12 #include <fstream>
  13 #include <sstream>
  14 #include <exception>
  15
  16 #include "engine.hpp"
  17 #include "globaldata.hpp"
  18
  19 using namespace std;
  20
  21 GlobalData* GlobalData::_uniqueInstance = 0;
  22
  23 int main(int argc, char *argv[]){
  24         try {
  25         //      srand(54321);
  26                 srand( (unsigned)time( NULL ) );
  27
  28                 Engine* dotur;
  29                 bool bail = 0;
  30
  31                 if(argc>1){
  32                         dotur = new BatchEngine(argv[1]);
  33                 }
  34                 else{
  35                         dotur = new InteractEngine();
  36                 }
  37
  38                 while(bail == 0)                {       bail = dotur->getInput();                       }
  39
  40                 delete dotur;
  41
  42                 return 0;
  43         }
  44         catch(exception& e) {
  45                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the dotur class Function main. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  46                 exit(1);
  47         }
  48         catch(...) {
  49                 cout << "An unknown error has occurred in the dotur class function main. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  50                 exit(1);
  51         }
  52 }
  53