makefile

   1 ###################################################\r
   2 #\r
   3 # Makefile for mothur\r
   4 # Created: June 29, 2010\r
   5 #\r
   6 ###################################################\r
   7 \r
   8 #\r
   9 # Macros\r
  10 #\r
  11 \r
  12 # Optimize to level 3:\r
  13 \r
  14 CXXFLAGS += -O3\r
  15 \r
  16 CYGWIN_BUILD ?= no\r
  17 ifeq  ($(strip $(CYGWIN_BUILD)),yes)\r
  18     CXXFLAGS += -mno-cygwin\r
  19     LDFLAGS += -mno-cygwin \r
  20 endif\r
  21 \r
  22 64BIT_VERSION ?= yes\r
  23 \r
  24 ifeq  ($(strip $(64BIT_VERSION)),yes)\r
  25     TARGET_ARCH += -arch x86_64\r
  26          CXXFLAGS += -DBIT_VERSION\r
  27         \r
  28         #if you are using centos uncomment the following lines\r
  29         #CC = g++44\r
  30         #CXXFLAGS += -mtune=native -march=native -m64\r
  31 endif\r
  32 \r
  33 # if you do not want to use the readline library, set this to no.\r
  34 # make sure you have the library installed\r
  35 \r
  36 USEREADLINE ?= yes\r
  37 \r
  38 ifeq  ($(strip $(USEREADLINE)),yes)\r
  39     CXXFLAGS += -DUSE_READLINE\r
  40     LDFLAGS += \\r
  41       -lreadline\\r
  42       -lncurses\r
  43 endif\r
  44 \r
  45 USEMPI ?= no\r
  46 \r
  47 ifeq  ($(strip $(USEMPI)),yes)\r
  48     CXX = mpic++\r
  49     CXXFLAGS += -DUSE_MPI\r
  50 endif\r
  51 \r
  52 #\r
  53 # INCLUDE directories for mothur\r
  54 #\r
  55 \r
  56      CXXFLAGS += -I.\r
  57 \r
  58 #\r
  59 # Get the list of all .cpp files, rename to .o files\r
  60 #\r
  61 \r
  62 OBJECTS=$(patsubst %.cpp,%.o,$(wildcard *.cpp))\r
  63 \r
  64 mothur : $(OBJECTS)\r
  65         $(CXX) $(LDFLAGS) $(TARGET_ARCH) -o $@ $(OBJECTS)\r
  66 \r
  67 install : mothur\r
  68         cp mothur ../Release/mothur\r
  69 \r
  70 %.o : %.cpp %.h\r
  71         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<\r
  72 %.o : %.cpp %.hpp\r
  73         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<\r
  74 \r
  75 \r
  76 clean :\r
  77         @rm -f $(OBJECTS)\r
  78 \r