makefile

   1 ###################################################
   2 #
   3 # Makefile for mothur
   4 # Created: June 29, 2010
   5 #
   6 ###################################################
   7
   8 #
   9 # Macros
  10 #
  11
  12 USEMPI ?= no
  13 64BIT_VERSION ?= yes
  14 USEREADLINE ?= yes
  15 USECOMPRESSION ?= no
  16 MOTHUR_FILES="\"Enter_your_default_path_here\""
  17 RELEASE_DATE = "\"2/12/2014\""
  18 VERSION = "\"1.33.0\""
  19 FORTAN_COMPILER = gfortran
  20 FORTRAN_FLAGS =
  21
  22 # Optimize to level 3:
  23 CXXFLAGS += -O3
  24
  25 ifeq  ($(strip $(64BIT_VERSION)),yes)
  26         #if you are using centos uncomment the following lines
  27         #CXX = g++44
  28
  29         #if you are a mac user use the following line
  30         TARGET_ARCH += -arch x86_64
  31
  32         #if you using cygwin to build Windows the following line
  33         #CXX = x86_64-w64-mingw32-g++
  34         #CC = x86_64-w64-mingw32-g++
  35         #FORTAN_COMPILER = x86_64-w64-mingw32-gfortran
  36         #TARGET_ARCH += -m64 -static
  37
  38         #if you are a linux user use the following line
  39         #CXXFLAGS += -mtune=native -march=native
  40
  41         CXXFLAGS += -DBIT_VERSION
  42 endif
  43
  44
  45 CXXFLAGS += -DRELEASE_DATE=${RELEASE_DATE} -DVERSION=${VERSION}
  46
  47 ifeq  ($(strip $(MOTHUR_FILES)),"\"Enter_your_default_path_here\"")
  48 else
  49         CXXFLAGS += -DMOTHUR_FILES=${MOTHUR_FILES}
  50 endif
  51
  52
  53 # if you do not want to use the readline library, set this to no.
  54 # make sure you have the library installed
  55
  56
  57 ifeq  ($(strip $(USEREADLINE)),yes)
  58     CXXFLAGS += -DUSE_READLINE
  59     LIBS = \
  60       -lreadline\
  61       -lncurses
  62 endif
  63
  64
  65 ifeq  ($(strip $(USEMPI)),yes)
  66     CXX = mpic++
  67     CXXFLAGS += -DUSE_MPI
  68 endif
  69
  70 # if you want to enable reading and writing of compressed files, set to yes.
  71 # The default is no.  this may only work on unix-like systems, not for windows.
  72
  73
  74 ifeq  ($(strip $(USECOMPRESSION)),yes)
  75   CXXFLAGS += -DUSE_COMPRESSION
  76 endif
  77
  78 #
  79 # INCLUDE directories for mothur
  80 #
  81
  82      CXXFLAGS += -I.
  83
  84 #
  85 # Get the list of all .cpp files, rename to .o files
  86 #
  87
  88 OBJECTS=$(patsubst %.cpp,%.o,$(wildcard *.cpp))
  89 OBJECTS+=$(patsubst %.c,%.o,$(wildcard *.c))
  90 OBJECTS+=$(patsubst %.f,%.o,$(wildcard *.f))
  91
  92 mothur : fortranSource $(OBJECTS) uchime
  93         $(CXX) $(LDFLAGS) $(TARGET_ARCH) -o $@ $(OBJECTS) $(LIBS)
  94
  95         strip mothur
  96
  97 uchime:
  98         cd uchime_src && ./mk && mv uchime .. && cd ..
  99
 100 fortranSource:
 101         ${FORTAN_COMPILER} -c $(FORTRAN_FLAGS) *.f
 102
 103 install : mothur
 104 #       cp mothur ../Release/mothur
 105
 106 %.o : %.c %.h
 107         $(COMPILE.c) $(OUTPUT_OPTION) $<
 108 %.o : %.cpp %.h
 109         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 110 %.o : %.cpp %.hpp
 111         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 112
 113
 114 clean :
 115         @rm -f $(OBJECTS)
 116         @rm -f uchime
 117