makefile

   1 ###################################################
   2 #
   3 # Makefile for mothur
   4 # Created: June 29, 2010
   5 #
   6 ###################################################
   7
   8 #
   9 # Macros
  10 #
  11
  12 USEMPI ?= no
  13 64BIT_VERSION ?= yes
  14 USEREADLINE ?= yes
  15 CYGWIN_BUILD ?= no
  16 USECOMPRESSION ?= no
  17 MOTHUR_FILES="\"Enter_your_default_path_here\""
  18 RELEASE_DATE = "\"12/7/2011\""
  19 VERSION = "\"1.22.0\""
  20 FORTAN_COMPILER = gfortran
  21
  22 # Optimize to level 3:
  23 CXXFLAGS += -O3
  24
  25 ifeq  ($(strip $(64BIT_VERSION)),yes)
  26         #if you are using centos uncomment the following lines
  27         #CXX = g++44
  28
  29         #if you are a mac user use the following line
  30         TARGET_ARCH += -arch x86_64
  31
  32         #if you using cygwin to build Windows the following line
  33         #CXX = x86_64-w64-mingw32-g++
  34         #CC = x86_64-w64-mingw32-g++
  35         #TARGET_ARCH += -m64 -static
  36
  37         #if you are a linux user use the following line
  38         #CXXFLAGS += -mtune=native -march=native -m64
  39
  40          CXXFLAGS += -DBIT_VERSION
  41 endif
  42
  43
  44 CXXFLAGS += -DRELEASE_DATE=${RELEASE_DATE} -DVERSION=${VERSION}
  45
  46 ifeq  ($(strip $(MOTHUR_FILES)),"\"Enter_your_default_path_here\"")
  47 else
  48         CXXFLAGS += -DMOTHUR_FILES=${MOTHUR_FILES}
  49 endif
  50
  51 ifeq  ($(strip $(CYGWIN_BUILD)),yes)
  52     CXXFLAGS += -mno-cygwin
  53     LDFLAGS += -mno-cygwin
  54 endif
  55
  56 # if you do not want to use the readline library, set this to no.
  57 # make sure you have the library installed
  58
  59
  60 ifeq  ($(strip $(USEREADLINE)),yes)
  61     CXXFLAGS += -DUSE_READLINE
  62     LIBS = \
  63       -lreadline\
  64       -lncurses
  65 endif
  66
  67
  68 ifeq  ($(strip $(USEMPI)),yes)
  69     CXX = mpic++
  70     CXXFLAGS += -DUSE_MPI
  71 endif
  72
  73 # if you want to enable reading and writing of compressed files, set to yes.
  74 # The default is no.  this may only work on unix-like systems, not for windows.
  75
  76
  77 ifeq  ($(strip $(USECOMPRESSION)),yes)
  78   CXXFLAGS += -DUSE_COMPRESSION
  79 endif
  80
  81 #
  82 # INCLUDE directories for mothur
  83 #
  84
  85      CXXFLAGS += -I.
  86
  87 #
  88 # Get the list of all .cpp files, rename to .o files
  89 #
  90
  91 OBJECTS=$(patsubst %.cpp,%.o,$(wildcard *.cpp))
  92 OBJECTS+=$(patsubst %.c,%.o,$(wildcard *.c))
  93 OBJECTS+=$(patsubst %.f,%.o,$(wildcard *.f))
  94
  95 mothur : fortranSource $(OBJECTS) uchime
  96         $(CXX) $(LDFLAGS) $(TARGET_ARCH) -o $@ $(OBJECTS) $(LIBS)
  97
  98         strip mothur
  99
 100 uchime:
 101         cd uchime_src && ./mk && mv uchime .. && cd ..
 102
 103 fortranSource:
 104         ${FORTAN_COMPILER} -c *.f
 105
 106 install : mothur
 107 #       cp mothur ../Release/mothur
 108
 109 %.o : %.c %.h
 110         $(COMPILE.c) $(OUTPUT_OPTION) $<
 111 %.o : %.cpp %.h
 112         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 113 %.o : %.cpp %.hpp
 114         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 115
 116
 117 clean :
 118         @rm -f $(OBJECTS)
 119         @rm -f uchime
 120