makefile

   1 ###################################################\r
   2 #\r
   3 # Makefile for mothur\r
   4 # Created: June 29, 2010\r
   5 #\r
   6 ###################################################\r
   7 \r
   8 #\r
   9 # Macros\r
  10 #\r
  11 \r
  12 # Optimize to level 3:\r
  13 \r
  14 CXXFLAGS += -O3\r
  15 \r
  16 CYGWIN_BUILD ?= no\r
  17 ifeq  ($(strip $(CYGWIN_BUILD)),yes)\r
  18     CXXFLAGS += -mno-cygwin\r
  19     LDFLAGS += -mno-cygwin \r
  20 #-lpsapi\r
  21 endif\r
  22 \r
  23 64BIT_VERSION ?= yes\r
  24 \r
  25 ifeq  ($(strip $(64BIT_VERSION)),yes)\r
  26     TARGET_ARCH += -arch x86_64\r
  27 endif\r
  28 \r
  29 # if you do not want to use the readline library, set this to no.\r
  30 # make sure you have the library installed\r
  31 \r
  32 USEREADLINE ?= yes\r
  33 \r
  34 ifeq  ($(strip $(USEREADLINE)),yes)\r
  35     CXXFLAGS += -DUSE_READLINE\r
  36     LDFLAGS += \\r
  37       -lreadline\\r
  38       -lncurses\\r
  39       -L../readline-6.0\r
  40 endif\r
  41 \r
  42 USEMPI ?= no\r
  43 \r
  44 ifeq  ($(strip $(USEMPI)),yes)\r
  45     CXX = mpic++\r
  46     CXXFLAGS += -DUSE_MPI\r
  47 endif\r
  48 \r
  49 #\r
  50 # INCLUDE directories for mothur\r
  51 #\r
  52 \r
  53      CXXFLAGS += -I.\r
  54 \r
  55 #\r
  56 # Get the list of all .cpp files, rename to .o files\r
  57 #\r
  58 \r
  59 OBJECTS=$(patsubst %.cpp,%.o,$(wildcard *.cpp))\r
  60 \r
  61 mothur : $(OBJECTS)\r
  62         $(CXX) $(LDFLAGS) $(TARGET_ARCH) -o $@ $(OBJECTS)\r
  63 \r
  64 install : mothur\r
  65         cp mothur ../Release/mothur\r
  66 \r
  67 clean :\r
  68         @rm -f $(OBJECTS)\r