makefile

   1 ###################################################\r
   2 #\r
   3 # Makefile for mothur\r
   4 # Created: June 29, 2010\r
   5 #\r
   6 ###################################################\r
   7 \r
   8 #\r
   9 # Macros\r
  10 #\r
  11 \r
  12 # Optimize to level 3:\r
  13 \r
  14 CXXFLAGS += -O3\r
  15 \r
  16 CYGWIN_BUILD ?= no\r
  17 ifeq  ($(strip $(CYGWIN_BUILD)),yes)\r
  18     CXXFLAGS += -mno-cygwin\r
  19     LDFLAGS += -mno-cygwin \r
  20 endif\r
  21 \r
  22 64BIT_VERSION ?= yes\r
  23 \r
  24 ifeq  ($(strip $(64BIT_VERSION)),yes)\r
  25     TARGET_ARCH += -arch x86_64\r
  26          CXXFLAGS += -DBIT_VERSION\r
  27 endif\r
  28 \r
  29 # if you do not want to use the readline library, set this to no.\r
  30 # make sure you have the library installed\r
  31 \r
  32 USEREADLINE ?= yes\r
  33 \r
  34 ifeq  ($(strip $(USEREADLINE)),yes)\r
  35     CXXFLAGS += -DUSE_READLINE\r
  36     LDFLAGS += \\r
  37       -lreadline\\r
  38       -lncurses\r
  39 endif\r
  40 \r
  41 USEMPI ?= no\r
  42 \r
  43 ifeq  ($(strip $(USEMPI)),yes)\r
  44     CXX = mpic++\r
  45     CXXFLAGS += -DUSE_MPI\r
  46 endif\r
  47 \r
  48 #\r
  49 # INCLUDE directories for mothur\r
  50 #\r
  51 \r
  52      CXXFLAGS += -I.\r
  53 \r
  54 #\r
  55 # Get the list of all .cpp files, rename to .o files\r
  56 #\r
  57 \r
  58 OBJECTS=$(patsubst %.cpp,%.o,$(wildcard *.cpp))\r
  59 \r
  60 mothur : $(OBJECTS)\r
  61         $(CXX) $(LDFLAGS) $(TARGET_ARCH) -o $@ $(OBJECTS)\r
  62 \r
  63 install : mothur\r
  64         cp mothur ../Release/mothur\r
  65 \r
  66 %.o : %.cpp %.h\r
  67         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<\r
  68 %.o : %.cpp %.hpp\r
  69         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<\r
  70 \r
  71 \r
  72 clean :\r
  73         @rm -f $(OBJECTS)\r
  74 \r