makefile

   1 ###################################################
   2 #
   3 # Makefile for mothur
   4 # Created: June 29, 2010
   5 #
   6 ###################################################
   7
   8 #
   9 # Macros
  10 #
  11
  12 # Optimize to level 3:
  13
  14 CXXFLAGS += -O3
  15
  16 MOTHUR_FILES = "\"../Release\""
  17
  18 RELEASE_DATE = "\"9/17/2010\""
  19 VERSION = "\"1.13.0\""
  20
  21 CXXFLAGS += -DRELEASE_DATE=${RELEASE_DATE} -DVERSION=${VERSION}
  22
  23 ifeq  ($(strip $(MOTHUR_FILES)),"\"Enter_your_default_path_here\"")
  24 else
  25         CXXFLAGS += -DMOTHUR_FILES=${MOTHUR_FILES}
  26 endif
  27
  28 CYGWIN_BUILD ?= no
  29 ifeq  ($(strip $(CYGWIN_BUILD)),yes)
  30     CXXFLAGS += -mno-cygwin
  31     LDFLAGS += -mno-cygwin
  32 endif
  33
  34 64BIT_VERSION ?= yes
  35
  36 ifeq  ($(strip $(64BIT_VERSION)),yes)
  37     TARGET_ARCH += -arch x86_64
  38          CXXFLAGS += -DBIT_VERSION
  39
  40         #if you are using centos uncomment the following lines
  41         #CXX = g++44
  42         #CXXFLAGS += -mtune=native -march=native -m64
  43 endif
  44
  45 # if you do not want to use the readline library, set this to no.
  46 # make sure you have the library installed
  47
  48 USEREADLINE ?= yes
  49
  50 ifeq  ($(strip $(USEREADLINE)),yes)
  51     CXXFLAGS += -DUSE_READLINE
  52     LDFLAGS += \
  53       -lreadline\
  54       -lncurses
  55 endif
  56
  57 USEMPI ?= no
  58
  59 ifeq  ($(strip $(USEMPI)),yes)
  60     CXX = mpic++
  61     CXXFLAGS += -DUSE_MPI
  62 endif
  63
  64 # if you want to enable reading and writing of compressed files, set to yes.
  65 # The default is no.  this may only work on unix-like systems.
  66
  67 USECOMPRESSION ?= no
  68
  69 ifeq  ($(strip $(USECOMPRESSION)),yes)
  70   CXXFLAGS += -DUSE_COMPRESSION
  71 endif
  72
  73 #
  74 # INCLUDE directories for mothur
  75 #
  76
  77      CXXFLAGS += -I.
  78
  79 #
  80 # Get the list of all .cpp files, rename to .o files
  81 #
  82
  83 OBJECTS=$(patsubst %.cpp,%.o,$(wildcard *.cpp))
  84 OBJECTS+=$(patsubst %.c,%.o,$(wildcard *.c))
  85
  86 mothur : $(OBJECTS)
  87         $(CXX) $(LDFLAGS) $(TARGET_ARCH) -o $@ $(OBJECTS)
  88
  89 install : mothur
  90         cp mothur ../Release/mothur
  91
  92 %.o : %.c %.h
  93         $(COMPILE.c) $(OUTPUT_OPTION) $<
  94 %.o : %.cpp %.h
  95         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
  96 %.o : %.cpp %.hpp
  97         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
  98
  99
 100 clean :
 101         @rm -f $(OBJECTS)
 102