makefile

   1 ###################################################
   2 #
   3 # Makefile for mothur
   4 # Created: June 29, 2010
   5 #
   6 ###################################################
   7
   8 #
   9 # Macros
  10 #
  11
  12 # Optimize to level 3:
  13
  14 CXXFLAGS += -O3
  15
  16 MOTHUR_FILES = "\"../Release\""
  17 ifeq  ($(strip $(MOTHUR_FILES)),"\"Enter_your_default_path_here\"")
  18 else
  19         CXXFLAGS += -DMOTHUR_FILES=${MOTHUR_FILES}
  20 endif
  21
  22 CYGWIN_BUILD ?= no
  23 ifeq  ($(strip $(CYGWIN_BUILD)),yes)
  24     CXXFLAGS += -mno-cygwin
  25     LDFLAGS += -mno-cygwin
  26 endif
  27
  28 64BIT_VERSION ?= yes
  29
  30 ifeq  ($(strip $(64BIT_VERSION)),yes)
  31     TARGET_ARCH += -arch x86_64
  32          CXXFLAGS += -DBIT_VERSION
  33
  34         #if you are using centos uncomment the following lines
  35         #CXX = g++44
  36         #CXXFLAGS += -mtune=native -march=native -m64
  37 endif
  38
  39 # if you do not want to use the readline library, set this to no.
  40 # make sure you have the library installed
  41
  42 USEREADLINE ?= yes
  43
  44 ifeq  ($(strip $(USEREADLINE)),yes)
  45     CXXFLAGS += -DUSE_READLINE
  46     LDFLAGS += \
  47       -lreadline\
  48       -lncurses
  49 endif
  50
  51 USEMPI ?= no
  52
  53 ifeq  ($(strip $(USEMPI)),yes)
  54     CXX = mpic++
  55     CXXFLAGS += -DUSE_MPI
  56 endif
  57
  58 #
  59 # INCLUDE directories for mothur
  60 #
  61
  62      CXXFLAGS += -I.
  63
  64 #
  65 # Get the list of all .cpp files, rename to .o files
  66 #
  67
  68 OBJECTS=$(patsubst %.cpp,%.o,$(wildcard *.cpp))
  69
  70 mothur : $(OBJECTS)
  71         $(CXX) $(LDFLAGS) $(TARGET_ARCH) -o $@ $(OBJECTS)
  72
  73 install : mothur
  74         cp mothur ../Release/mothur
  75
  76 %.o : %.cpp %.h
  77         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
  78 %.o : %.cpp %.hpp
  79         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
  80
  81
  82 clean :
  83         @rm -f $(OBJECTS)
  84