makefile

   1 ###################################################
   2 #
   3 # Makefile for mothur
   4 # Created: June 29, 2010
   5 #
   6 ###################################################
   7
   8 #
   9 # Macros
  10 #
  11
  12 # Optimize to level 3:
  13
  14 CXXFLAGS += -O3
  15
  16 64BIT_VERSION ?= yes
  17
  18 ifeq  ($(strip $(64BIT_VERSION)),yes)
  19         #if you are using centos uncomment the following lines
  20         #CXX = g++44
  21
  22         #if you are a mac user use the following line
  23         TARGET_ARCH += -arch x86_64
  24
  25         #if you are a linux user use the following line
  26         #CXXFLAGS += -mtune=native -march=native -m64
  27
  28          CXXFLAGS += -DBIT_VERSION
  29 endif
  30
  31 MOTHUR_FILES = "\"../release\""
  32
  33 RELEASE_DATE = "\"12/10/2010\""
  34 VERSION = "\"1.15.0\""
  35
  36 CXXFLAGS += -DRELEASE_DATE=${RELEASE_DATE} -DVERSION=${VERSION}
  37
  38 ifeq  ($(strip $(MOTHUR_FILES)),"\"Enter_your_default_path_here\"")
  39 else
  40         CXXFLAGS += -DMOTHUR_FILES=${MOTHUR_FILES}
  41 endif
  42
  43 CYGWIN_BUILD ?= no
  44 ifeq  ($(strip $(CYGWIN_BUILD)),yes)
  45     CXXFLAGS += -mno-cygwin
  46     LDFLAGS += -mno-cygwin
  47 endif
  48
  49 # if you do not want to use the readline library, set this to no.
  50 # make sure you have the library installed
  51
  52 USEREADLINE ?= yes
  53
  54 ifeq  ($(strip $(USEREADLINE)),yes)
  55     CXXFLAGS += -DUSE_READLINE
  56     LIBS = \
  57       -lreadline\
  58       -lncurses
  59 endif
  60
  61 USEMPI ?= no
  62
  63 ifeq  ($(strip $(USEMPI)),yes)
  64     CXX = mpic++
  65     CXXFLAGS += -DUSE_MPI
  66 endif
  67
  68 # if you want to enable reading and writing of compressed files, set to yes.
  69 # The default is no.  this may only work on unix-like systems, not for windows.
  70
  71 USECOMPRESSION ?= no
  72
  73 ifeq  ($(strip $(USECOMPRESSION)),yes)
  74   CXXFLAGS += -DUSE_COMPRESSION
  75 endif
  76
  77 #
  78 # INCLUDE directories for mothur
  79 #
  80
  81      CXXFLAGS += -I.
  82
  83 #
  84 # Get the list of all .cpp files, rename to .o files
  85 #
  86
  87 OBJECTS=$(patsubst %.cpp,%.o,$(wildcard *.cpp))
  88 OBJECTS+=$(patsubst %.c,%.o,$(wildcard *.c))
  89
  90 mothur : $(OBJECTS)
  91         $(CXX) $(LDFLAGS) $(TARGET_ARCH) -o $@ $(OBJECTS) $(LIBS)
  92
  93         strip mothur
  94
  95 install : mothur
  96 #       cp mothur ../Release/mothur
  97
  98 %.o : %.c %.h
  99         $(COMPILE.c) $(OUTPUT_OPTION) $<
 100 %.o : %.cpp %.h
 101         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 102 %.o : %.cpp %.hpp
 103         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 104
 105
 106 clean :
 107         @rm -f $(OBJECTS)
 108