makefile

   1 ###################################################
   2 #
   3 # Makefile for mothur
   4 # Created: June 29, 2010
   5 #
   6 ###################################################
   7
   8 #
   9 # Macros
  10 #
  11
  12 USEMPI ?= no
  13 64BIT_VERSION ?= yes
  14 USEREADLINE ?= yes
  15 CYGWIN_BUILD ?= no
  16 USECOMPRESSION ?= no
  17 MOTHUR_FILES="\"../release\""
  18 RELEASE_DATE = "\"2/7/2011\""
  19 VERSION = "\"1.16.0\""
  20
  21 # Optimize to level 3:
  22 CXXFLAGS += -O3
  23
  24 ifeq  ($(strip $(64BIT_VERSION)),yes)
  25         #if you are using centos uncomment the following lines
  26         #CXX = g++44
  27
  28         #if you are a mac user use the following line
  29         TARGET_ARCH += -arch x86_64
  30
  31         #if you are a linux user use the following line
  32         #CXXFLAGS += -mtune=native -march=native -m64
  33
  34          CXXFLAGS += -DBIT_VERSION
  35 endif
  36
  37
  38 CXXFLAGS += -DRELEASE_DATE=${RELEASE_DATE} -DVERSION=${VERSION}
  39
  40 ifeq  ($(strip $(MOTHUR_FILES)),"\"Enter_your_default_path_here\"")
  41 else
  42         CXXFLAGS += -DMOTHUR_FILES=${MOTHUR_FILES}
  43 endif
  44
  45 ifeq  ($(strip $(CYGWIN_BUILD)),yes)
  46     CXXFLAGS += -mno-cygwin
  47     LDFLAGS += -mno-cygwin
  48 endif
  49
  50 # if you do not want to use the readline library, set this to no.
  51 # make sure you have the library installed
  52
  53
  54 ifeq  ($(strip $(USEREADLINE)),yes)
  55     CXXFLAGS += -DUSE_READLINE
  56     LIBS = \
  57       -lreadline\
  58       -lncurses
  59 endif
  60
  61
  62 ifeq  ($(strip $(USEMPI)),yes)
  63     CXX = mpic++
  64     CXXFLAGS += -DUSE_MPI
  65 endif
  66
  67 # if you want to enable reading and writing of compressed files, set to yes.
  68 # The default is no.  this may only work on unix-like systems, not for windows.
  69
  70
  71 ifeq  ($(strip $(USECOMPRESSION)),yes)
  72   CXXFLAGS += -DUSE_COMPRESSION
  73 endif
  74
  75 #
  76 # INCLUDE directories for mothur
  77 #
  78
  79      CXXFLAGS += -I.
  80
  81 #
  82 # Get the list of all .cpp files, rename to .o files
  83 #
  84
  85 OBJECTS=$(patsubst %.cpp,%.o,$(wildcard *.cpp))
  86 OBJECTS+=$(patsubst %.c,%.o,$(wildcard *.c))
  87
  88 mothur : $(OBJECTS)
  89         $(CXX) $(LDFLAGS) $(TARGET_ARCH) -o $@ $(OBJECTS) $(LIBS)
  90
  91         strip mothur
  92
  93 install : mothur
  94 #       cp mothur ../Release/mothur
  95
  96 %.o : %.c %.h
  97         $(COMPILE.c) $(OUTPUT_OPTION) $<
  98 %.o : %.cpp %.h
  99         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 100 %.o : %.cpp %.hpp
 101         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 102
 103
 104 clean :
 105         @rm -f $(OBJECTS)
 106