makefile

   1 ###################################################
   2 #
   3 # Makefile for mothur
   4 # Created: June 29, 2010
   5 #
   6 ###################################################
   7
   8 #
   9 # Macros
  10 #
  11
  12 USEMPI ?= no
  13 64BIT_VERSION ?= yes
  14 USEREADLINE ?= yes
  15 CYGWIN_BUILD ?= no
  16 USECOMPRESSION ?= no
  17 MOTHUR_FILES="\"Enter_your_default_path_here\""
  18 RELEASE_DATE = "\"10/18/2011\""
  19 VERSION = "\"1.22.0\""
  20
  21 # Optimize to level 3:
  22 CXXFLAGS += -O3
  23
  24 ifeq  ($(strip $(64BIT_VERSION)),yes)
  25         #if you are using centos uncomment the following lines
  26         #CXX = g++44
  27
  28         #if you are a mac user use the following line
  29         TARGET_ARCH += -arch x86_64
  30
  31         #if you using cygwin to build Windows the following line
  32         #CXX = x86_64-w64-mingw32-g++
  33         #CC = x86_64-w64-mingw32-g++
  34         #TARGET_ARCH += -m64 -static
  35
  36         #if you are a linux user use the following line
  37         #CXXFLAGS += -mtune=native -march=native -m64
  38
  39          CXXFLAGS += -DBIT_VERSION
  40 endif
  41
  42
  43 CXXFLAGS += -DRELEASE_DATE=${RELEASE_DATE} -DVERSION=${VERSION}
  44
  45 ifeq  ($(strip $(MOTHUR_FILES)),"\"Enter_your_default_path_here\"")
  46 else
  47         CXXFLAGS += -DMOTHUR_FILES=${MOTHUR_FILES}
  48 endif
  49
  50 ifeq  ($(strip $(CYGWIN_BUILD)),yes)
  51     CXXFLAGS += -mno-cygwin
  52     LDFLAGS += -mno-cygwin
  53 endif
  54
  55 # if you do not want to use the readline library, set this to no.
  56 # make sure you have the library installed
  57
  58
  59 ifeq  ($(strip $(USEREADLINE)),yes)
  60     CXXFLAGS += -DUSE_READLINE
  61     LIBS = \
  62       -lreadline\
  63       -lncurses
  64 endif
  65
  66
  67 ifeq  ($(strip $(USEMPI)),yes)
  68     CXX = mpic++
  69     CXXFLAGS += -DUSE_MPI
  70 endif
  71
  72 # if you want to enable reading and writing of compressed files, set to yes.
  73 # The default is no.  this may only work on unix-like systems, not for windows.
  74
  75
  76 ifeq  ($(strip $(USECOMPRESSION)),yes)
  77   CXXFLAGS += -DUSE_COMPRESSION
  78 endif
  79
  80 #
  81 # INCLUDE directories for mothur
  82 #
  83
  84      CXXFLAGS += -I.
  85
  86 #
  87 # Get the list of all .cpp files, rename to .o files
  88 #
  89
  90 OBJECTS=$(patsubst %.cpp,%.o,$(wildcard *.cpp))
  91 OBJECTS+=$(patsubst %.c,%.o,$(wildcard *.c))
  92
  93 mothur : $(OBJECTS) uchime
  94         $(CXX) $(LDFLAGS) $(TARGET_ARCH) -o $@ $(OBJECTS) $(LIBS)
  95
  96         strip mothur
  97
  98 uchime:
  99         cd uchime_src && ./mk && mv uchime .. && cd ..
 100
 101 install : mothur
 102 #       cp mothur ../Release/mothur
 103
 104 %.o : %.c %.h
 105         $(COMPILE.c) $(OUTPUT_OPTION) $<
 106 %.o : %.cpp %.h
 107         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 108 %.o : %.cpp %.hpp
 109         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 110
 111
 112 clean :
 113         @rm -f $(OBJECTS)
 114         @rm -f uchime
 115