makefile

   1 ###################################################
   2 #
   3 # Makefile for mothur
   4 # Created: June 29, 2010
   5 #
   6 ###################################################
   7
   8 #
   9 # Macros
  10 #
  11
  12 USEMPI ?= no
  13 64BIT_VERSION ?= yes
  14 USEREADLINE ?= no
  15 CYGWIN_BUILD ?= no
  16 USECOMPRESSION ?= no
  17 MOTHUR_FILES="\"Enter_your_default_path_here\""
  18 RELEASE_DATE = "\"3/13/2012\""
  19 VERSION = "\"1.24.0\""
  20 FORTAN_COMPILER = gfortran
  21
  22 # Optimize to level 3:
  23 CXXFLAGS += -O3
  24
  25 ifeq  ($(strip $(64BIT_VERSION)),yes)
  26         #if you are using centos uncomment the following lines
  27         #CXX = g++44
  28
  29         #if you are a mac user use the following line
  30         TARGET_ARCH += -arch x86_64
  31
  32         #if you using cygwin to build Windows the following line
  33         #CXX = x86_64-w64-mingw32-g++
  34         #CC = x86_64-w64-mingw32-g++
  35         #FORTAN_COMPILER = x86_64-w64-mingw32-gfortran
  36         #TARGET_ARCH += -m64 -static
  37
  38         #if you are a linux user use the following line
  39         #CXXFLAGS += -mtune=native -march=native -m64
  40
  41         CXXFLAGS += -DBIT_VERSION
  42 endif
  43
  44
  45 CXXFLAGS += -DRELEASE_DATE=${RELEASE_DATE} -DVERSION=${VERSION}
  46
  47 ifeq  ($(strip $(MOTHUR_FILES)),"\"Enter_your_default_path_here\"")
  48 else
  49         CXXFLAGS += -DMOTHUR_FILES=${MOTHUR_FILES}
  50 endif
  51
  52 ifeq  ($(strip $(CYGWIN_BUILD)),yes)
  53     CXXFLAGS += -mno-cygwin
  54     LDFLAGS += -mno-cygwin
  55 endif
  56
  57 # if you do not want to use the readline library, set this to no.
  58 # make sure you have the library installed
  59
  60
  61 ifeq  ($(strip $(USEREADLINE)),yes)
  62     CXXFLAGS += -DUSE_READLINE
  63     LIBS = \
  64       -lreadline\
  65       -lncurses
  66 endif
  67
  68
  69 ifeq  ($(strip $(USEMPI)),yes)
  70     CXX = mpic++
  71     CXXFLAGS += -DUSE_MPI
  72 endif
  73
  74 # if you want to enable reading and writing of compressed files, set to yes.
  75 # The default is no.  this may only work on unix-like systems, not for windows.
  76
  77
  78 ifeq  ($(strip $(USECOMPRESSION)),yes)
  79   CXXFLAGS += -DUSE_COMPRESSION
  80 endif
  81
  82 #
  83 # INCLUDE directories for mothur
  84 #
  85
  86      CXXFLAGS += -I.
  87
  88 #
  89 # Get the list of all .cpp files, rename to .o files
  90 #
  91
  92 OBJECTS=$(patsubst %.cpp,%.o,$(wildcard *.cpp))
  93 OBJECTS+=$(patsubst %.c,%.o,$(wildcard *.c))
  94 OBJECTS+=$(patsubst %.f,%.o,$(wildcard *.f))
  95
  96 mothur : fortranSource $(OBJECTS) uchime
  97         $(CXX) $(LDFLAGS) $(TARGET_ARCH) -o $@ $(OBJECTS) $(LIBS)
  98
  99         strip mothur
 100
 101 uchime:
 102         cd uchime_src && ./mk && mv uchime .. && cd ..
 103
 104 fortranSource:
 105         ${FORTAN_COMPILER} -c -m64 *.f
 106
 107 install : mothur
 108 #       cp mothur ../Release/mothur
 109
 110 %.o : %.c %.h
 111         $(COMPILE.c) $(OUTPUT_OPTION) $<
 112 %.o : %.cpp %.h
 113         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 114 %.o : %.cpp %.hpp
 115         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 116
 117
 118 clean :
 119         @rm -f $(OBJECTS)
 120         @rm -f uchime
 121