libshuff.cpp

   1 /*
   2  *  libshuffform.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 4/8/09.
   6  *  Copyright 2009 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
   7  *
   8  */
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  10 #include "libshuff.h"
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  12 /***********************************************************************/
  13
  14 void swap(int& i,int& j){       int t = i;  i = j;  j = t;      }
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  16 /***********************************************************************/
  17
  18 Libshuff::Libshuff(FullMatrix* D, int it, float step, float co) : matrix(D), iters(it), stepSize(step), cutOff(co){
  19         try{
  20                 groupNames = matrix->getGroups();
  21                 groupSizes = matrix->getSizes();
  22                 numGroups = matrix->getNumGroups();
  23
  24                 initializeGroups(matrix);
  25         }
  26         catch(exception& e) {
  27                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Libshuff class Function Libshuff. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  28                 exit(1);
  29         }
  30         catch(...) {
  31                 cout << "An unknown error has occurred in the Libshuff class function Libshuff. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  32                 exit(1);
  33         }
  34
  35 }
  36
  37 /***********************************************************************/
  38
  39 void Libshuff::initializeGroups(FullMatrix* matrix){
  40         try{
  41                 groups.resize(numGroups);
  42                 savedGroups.resize(numGroups);
  43
  44                 savedGroups.resize(numGroups);
  45                 for(int i=0;i<numGroups;i++) {
  46                         groups[i].resize(groupSizes[i]);
  47                         savedGroups[i].resize(groupSizes[i]);
  48                 }
  49                 int index=0;
  50                 for(int i=0;i<numGroups;i++){
  51                         for(int j=0;j<groupSizes[i];j++){
  52                                 savedGroups[i][j] = groups[i][j] = index++;
  53                         }
  54                 }
  55         }
  56         catch(exception& e) {
  57                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Libshuff class Function initializeGroups. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  58                 exit(1);
  59         }
  60         catch(...) {
  61                 cout << "An unknown error has occurred in the Libshuff class function initializeGroups. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  62                 exit(1);
  63         }
  64
  65 }
  66
  67 /***********************************************************************/
  68
  69 vector<vector<vector<double> > > Libshuff::getSavedMins(){
  70         return savedMins;
  71 }
  72
  73 /***********************************************************************/
  74
  75 vector<double> Libshuff::getMinX(int x){
  76         try{
  77                 vector<double> minX(groupSizes[x], 0);
  78                 for(int i=0;i<groupSizes[x];i++){
  79                         minX[i] = (groupSizes[x] > 1 ? (i==0 ? matrix->get(groups[x][0], groups[x][1]) : matrix->get(groups[x][i], groups[x][0])) : 0.0);
  80                         for(int j=0;j<groupSizes[x];j++){
  81                                 if(i != j)      {
  82                                         double dx = matrix->get(groups[x][i], groups[x][j]);
  83                                         if(dx < minX[i]){       minX[i] = dx;   }
  84                                 }
  85                         }
  86                 }
  87                 return minX;
  88         }
  89         catch(exception& e) {
  90                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Libshuff class Function getMinX. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  91                 exit(1);
  92         }
  93         catch(...) {
  94                 cout << "An unknown error has occurred in the Libshuff class function getMinX. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  95                 exit(1);
  96         }
  97
  98 }
  99
 100 /***********************************************************************/
 101
 102 vector<double> Libshuff::getMinXY(int x, int y){
 103         try{
 104                 vector<double> minXY(groupSizes[x], 0);
 105
 106                 for(int i=0;i<groupSizes[x];i++){
 107                         minXY[i] = matrix->get(groups[x][i], groups[y][0]);
 108                         for(int j=0;j<groupSizes[y];j++){
 109                                 double dxy = matrix->get(groups[x][i], groups[y][j]);
 110                                 if(dxy<minXY[i]){       minXY[i] = dxy; }
 111                         }
 112                 }
 113                 return minXY;
 114         }
 115         catch(exception& e) {
 116                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Libshuff class Function getMinXY. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 117                 exit(1);
 118         }
 119         catch(...) {
 120                 cout << "An unknown error has occurred in the Libshuff class function getMinXY. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 121                 exit(1);
 122         }
 123 }
 124
 125 /***********************************************************************/
 126
 127 void Libshuff::randomizeGroups(int x, int y){
 128         try{
 129                 int nv = groupSizes[x]+groupSizes[y];
 130                 vector<int> v(nv);
 131
 132                 int index=0;
 133                 for(int k=0;k<groupSizes[x];k++)        {       v[index++] = groups[x][k];      }
 134                 for(int k=0;k<groupSizes[y];k++)        {       v[index++] = groups[y][k];      }
 135
 136                 for(int k=nv-1;k>0;k--){
 137                         int z = (int)(rand() % k);
 138                         swap(v[z],v[k]);
 139                 }
 140
 141                 index=0;
 142                 for(int k=0;k<groupSizes[x];k++)        {       groups[x][k]=v[index++];        }
 143                 for(int k=0;k<groupSizes[y];k++)        {       groups[y][k]=v[index++];        }
 144         }
 145         catch(exception& e) {
 146                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the Libshuff class Function randomizeGroups. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 147                 exit(1);
 148         }
 149         catch(...) {
 150                 cout << "An unknown error has occurred in the Libshuff class function randomizeGroups. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 151                 exit(1);
 152         }
 153 }
 154
 155 /***********************************************************************/
 156
 157 void Libshuff::resetGroup(int x){
 158
 159         for(int k=0;k<groupSizes[x];k++)        {       groups[x][k] = savedGroups[x][k];       }
 160
 161 }
 162
 163 /***********************************************************************/