]> git.donarmstrong.com Git - mothur.git/tree
*** empty log message ***
-rw-r--r-- 3119 Mothur.1
drwxr-xr-x - Mothur.xcodeproj
-rw-r--r-- 4359 ace.cpp
-rw-r--r-- 692 ace.h
-rw-r--r-- 1976 averagelinkage.cpp
-rw-r--r-- 1014 bergerparker.cpp
-rw-r--r-- 710 bergerparker.h
-rw-r--r-- 4999 binsequencecommand.cpp
-rw-r--r-- 795 binsequencecommand.h
-rw-r--r-- 1191 bootstrap.cpp
-rw-r--r-- 698 bootstrap.h
-rw-r--r-- 2598 bstick.cpp
-rw-r--r-- 770 bstick.h
-rw-r--r-- 41152 calculator.cpp
-rw-r--r-- 10634 calculator.h
-rw-r--r-- 1768 chao1.cpp
-rw-r--r-- 667 chao1.h
-rw-r--r-- 3746 cluster.cpp
-rw-r--r-- 1353 cluster.hpp
-rw-r--r-- 5647 clustercommand.cpp
-rw-r--r-- 1486 clustercommand.h
-rw-r--r-- 7269 collect.cpp
-rw-r--r-- 1073 collect.h
-rw-r--r-- 5648 collectcommand.cpp
-rw-r--r-- 1904 collectcommand.h
-rw-r--r-- 2223 collectdisplay.h
-rw-r--r-- 1874 collectorscurvedata.h
-rw-r--r-- 8684 collectsharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2200 collectsharedcommand.h
-rw-r--r-- 371 command.hpp
-rw-r--r-- 4314 commandfactory.cpp
-rw-r--r-- 372 commandfactory.hpp
-rw-r--r-- 1864 commandoptionparser.cpp
-rw-r--r-- 469 commandoptionparser.hpp
-rw-r--r-- 1697 completelinkage.cpp
-rw-r--r-- 1374 database.cpp
-rw-r--r-- 376 database.hpp
-rw-r--r-- 1405 datavector.hpp
-rw-r--r-- 1667 deconvolutecommand.cpp
-rw-r--r-- 816 deconvolutecommand.h
-rw-r--r-- 615 display.h
-rw-r--r-- 1857 dlibshuff.cpp
-rw-r--r-- 483 dlibshuff.h
-rw-r--r-- 5309 engine.cpp
-rw-r--r-- 963 engine.hpp
-rw-r--r-- 22399 errorchecking.cpp
-rw-r--r-- 1084 errorchecking.h
-rw-r--r-- 5148 fastamap.cpp
-rw-r--r-- 1871 fastamap.h
-rw-r--r-- 15158 fileoutput.cpp
-rw-r--r-- 3646 fileoutput.h
-rw-r--r-- 7817 fullmatrix.cpp
-rw-r--r-- 1182 fullmatrix.h
-rw-r--r-- 2865 geom.cpp
-rw-r--r-- 765 geom.h
-rw-r--r-- 1601 getgroupcommand.cpp
-rw-r--r-- 442 getgroupcommand.h
-rw-r--r-- 1738 getlabelcommand.cpp
-rw-r--r-- 439 getlabelcommand.h
-rw-r--r-- 1753 getlinecommand.cpp
-rw-r--r-- 434 getlinecommand.h
-rw-r--r-- 6969 getoturepcommand.cpp
-rw-r--r-- 1231 getoturepcommand.h
-rw-r--r-- 17912 globaldata.cpp
-rw-r--r-- 2856 globaldata.hpp
-rw-r--r-- 2526 groupmap.cpp
-rw-r--r-- 940 groupmap.h
-rw-r--r-- 11998 heatmap.cpp
-rw-r--r-- 990 heatmap.h
-rw-r--r-- 3866 heatmapcommand.cpp
-rw-r--r-- 711 heatmapcommand.h
-rw-r--r-- 27571 helpcommand.cpp
-rw-r--r-- 524 helpcommand.h
-rw-r--r-- 5860 inputdata.cpp
-rw-r--r-- 724 inputdata.h
-rw-r--r-- 4247 jackknife.cpp
-rw-r--r-- 825 jackknife.h
-rw-r--r-- 2788 kmer.cpp
-rw-r--r-- 629 kmer.hpp
-rw-r--r-- 3255 kmerdb.cpp
-rw-r--r-- 454 kmerdb.hpp
-rw-r--r-- 5032 libshuff.cpp
-rw-r--r-- 891 libshuff.h
-rw-r--r-- 11526 libshuffcommand.cpp
-rw-r--r-- 853 libshuffcommand.h
-rw-r--r-- 8183 listvector.cpp
-rw-r--r-- 1388 listvector.hpp
-rw-r--r-- 6228 logsd.cpp
-rw-r--r-- 717 logsd.h
-rw-r--r-- 1177 mothur.cpp
-rw-r--r-- 12224 mothur.h
-rw-r--r-- 2784 nameassignment.cpp
-rw-r--r-- 355 nameassignment.hpp
-rw-r--r-- 924 nocommands.cpp
-rw-r--r-- 392 nocommands.h
-rw-r--r-- 1387 npshannon.cpp
-rw-r--r-- 707 npshannon.h
-rw-r--r-- 663 nseqs.h
-rw-r--r-- 410 observable.h
-rw-r--r-- 6442 ordervector.cpp
-rw-r--r-- 1772 ordervector.hpp
-rw-r--r-- 5700 parselistcommand.cpp
-rw-r--r-- 1404 parselistcommand.h
-rw-r--r-- 4280 parsimony.cpp
-rw-r--r-- 756 parsimony.h
-rw-r--r-- 14917 parsimonycommand.cpp
-rw-r--r-- 2300 parsimonycommand.h
-rw-r--r-- 3665 progress.cpp
-rw-r--r-- 260 progress.hpp
-rw-r--r-- 2145 qstat.cpp
-rw-r--r-- 689 qstat.h
-rw-r--r-- 768 quitcommand.cpp
-rw-r--r-- 481 quitcommand.h
-rw-r--r-- 9487 rabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1560 rabundvector.hpp
-rw-r--r-- 1552 rarecalc.cpp
-rw-r--r-- 761 rarecalc.h
-rw-r--r-- 5149 raredisplay.cpp
-rw-r--r-- 1019 raredisplay.h
-rw-r--r-- 4819 rarefact.cpp
-rw-r--r-- 864 rarefact.h
-rw-r--r-- 4617 rarefactcommand.cpp
-rw-r--r-- 2144 rarefactcommand.h
-rw-r--r-- 1843 rarefactioncurvedata.h
-rw-r--r-- 4407 rarefactsharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2070 rarefactsharedcommand.h
-rw-r--r-- 2832 readdistcommand.cpp
-rw-r--r-- 1200 readdistcommand.h
-rw-r--r-- 12067 readmatrix.cpp
-rw-r--r-- 1760 readmatrix.hpp
-rw-r--r-- 2216 readotucommand.cpp
-rw-r--r-- 2018 readotucommand.h
-rw-r--r-- 12478 readtree.cpp
-rw-r--r-- 1333 readtree.h
-rw-r--r-- 3010 readtreecommand.cpp
-rw-r--r-- 503 readtreecommand.h
-rw-r--r-- 7916 sabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1578 sabundvector.hpp
-rw-r--r-- 3328 sequence.cpp
-rw-r--r-- 787 sequence.hpp
-rw-r--r-- 1718 shannon.cpp
-rw-r--r-- 698 shannon.h
-rw-r--r-- 2435 shared.cpp
-rw-r--r-- 756 shared.h
-rw-r--r-- 4133 sharedace.cpp
-rw-r--r-- 733 sharedace.h
-rw-r--r-- 636 sharedanderberg.h
-rw-r--r-- 1533 sharedanderbergs.cpp
-rw-r--r-- 640 sharedanderbergs.h
-rw-r--r-- 3577 sharedbdiversity.cpp
-rw-r--r-- 948 sharedbdiversity.h
-rw-r--r-- 1874 sharedbraycurtis.cpp
-rw-r--r-- 642 sharedbraycurtis.h
-rw-r--r-- 2398 sharedchao1.cpp
-rw-r--r-- 708 sharedchao1.h
-rw-r--r-- 3390 sharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 1053 sharedcommand.h
-rw-r--r-- 1148 sharedjabund.cpp
-rw-r--r-- 739 sharedjabund.h
-rw-r--r-- 1546 sharedjclass.cpp
-rw-r--r-- 726 sharedjclass.h
-rw-r--r-- 1715 sharedjest.cpp
-rw-r--r-- 713 sharedjest.h
-rw-r--r-- 2585 sharedkstest.cpp
-rw-r--r-- 699 sharedkstest.h
-rw-r--r-- 1522 sharedkulczynski.cpp
-rw-r--r-- 642 sharedkulczynski.h
-rw-r--r-- 1554 sharedkulczynskicody.cpp
-rw-r--r-- 668 sharedkulczynskicody.h
-rw-r--r-- 1616 sharedlennon.cpp
-rw-r--r-- 620 sharedlennon.h
-rw-r--r-- 11285 sharedlistvector.cpp
-rw-r--r-- 2055 sharedlistvector.h
-rw-r--r-- 2008 sharedmorisitahorn.cpp
-rw-r--r-- 635 sharedmorisitahorn.h
-rw-r--r-- 733 sharednseqs.h
-rw-r--r-- 1503 sharedochiai.cpp
-rw-r--r-- 617 sharedochiai.h
-rw-r--r-- 10263 sharedordervector.cpp
-rw-r--r-- 2468 sharedordervector.h
-rw-r--r-- 14057 sharedrabundvector.cpp
-rw-r--r-- 2236 sharedrabundvector.h
-rw-r--r-- 8684 sharedsabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1734 sharedsabundvector.h
-rw-r--r-- 1310 sharedsobs.cpp
-rw-r--r-- 756 sharedsobs.h
-rw-r--r-- 1428 sharedsobscollectsummary.cpp
-rw-r--r-- 737 sharedsobscollectsummary.h
-rw-r--r-- 1140 sharedsorabund.cpp
-rw-r--r-- 752 sharedsorabund.h
-rw-r--r-- 1553 sharedsorclass.cpp
-rw-r--r-- 740 sharedsorclass.h
-rw-r--r-- 1718 sharedsorest.cpp
-rw-r--r-- 727 sharedsorest.h
-rw-r--r-- 1986 sharedthetan.cpp
-rw-r--r-- 727 sharedthetan.h
-rw-r--r-- 1994 sharedthetayc.cpp
-rw-r--r-- 735 sharedthetayc.h
-rw-r--r-- 10840 sharedutilities.cpp
-rw-r--r-- 1170 sharedutilities.h
-rw-r--r-- 1855 simpson.cpp
-rw-r--r-- 681 simpson.h
-rw-r--r-- 1734 singlelinkage.cpp
-rw-r--r-- 2798 slibshuff.cpp
-rw-r--r-- 428 slibshuff.h
-rw-r--r-- 759 sobs.h
-rw-r--r-- 6532 sparsematrix.cpp
-rw-r--r-- 1123 sparsematrix.hpp
-rw-r--r-- 5089 summarycommand.cpp
-rw-r--r-- 1779 summarycommand.h
-rw-r--r-- 929 summarydata.h
-rw-r--r-- 717 summarydisplay.h
-rw-r--r-- 8022 summarysharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2189 summarysharedcommand.h
-rw-r--r-- 18564 tree.cpp
-rw-r--r-- 1622 tree.h
-rw-r--r-- 854 treecalculator.h
-rw-r--r-- 9745 treegroupscommand.cpp
-rw-r--r-- 1439 treegroupscommand.h
-rw-r--r-- 4993 treemap.cpp
-rw-r--r-- 1253 treemap.h
-rw-r--r-- 3248 treenode.cpp
-rw-r--r-- 1647 treenode.h
-rw-r--r-- 10028 unifracunweightedcommand.cpp
-rw-r--r-- 1856 unifracunweightedcommand.h
-rw-r--r-- 13040 unifracweightedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2209 unifracweightedcommand.h
-rw-r--r-- 14116 unweighted.cpp
-rw-r--r-- 689 unweighted.h
-rw-r--r-- 3142 uvest.cpp
-rw-r--r-- 671 uvest.h
-rw-r--r-- 15480 validcalculator.cpp
-rw-r--r-- 1215 validcalculator.h
-rw-r--r-- 3522 validcommands.cpp
-rw-r--r-- 686 validcommands.h
-rw-r--r-- 13293 validparameter.cpp
-rw-r--r-- 1464 validparameter.h
-rw-r--r-- 31142 venn.cpp
-rw-r--r-- 908 venn.h
-rw-r--r-- 5451 venncommand.cpp
-rw-r--r-- 799 venncommand.h
-rw-r--r-- 6662 weighted.cpp
-rw-r--r-- 774 weighted.h