kmerdb.hpp

   1 #ifndef KMERDB_HPP
   2 #define KMERDB_HPP
   3
   4 /*
   5  *  kmerdb.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/16/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  *      This class is a child class of the Database class, which stores the template sequences as a kmer table and provides
  12  *      a method of searching the kmer table for the sequence with the most kmers in common with a query sequence.
  13  *      kmerLocations is the primary storage variable that is a two-dimensional vector where each row represents the
  14  *      different number of kmers and each column contains the index to sequences that use that kmer.
  15  *
  16  *      Construction of an object of this type will first look for an appropriately named database file and if it is found
  17  *      then will read in the database file (readKmerDB), otherwise it will generate one and store the data in memory
  18  *      (generateKmerDB)
  19
  20  */
  21
  22 #include "mothur.h"
  23 #include "database.hpp"
  24
  25 class KmerDB : public Database {
  26
  27 public:
  28         KmerDB(string, int);
  29         KmerDB(const KmerDB& kdb) : kmerSize(kdb.kmerSize), maxKmer(kdb.maxKmer), count(kdb.count), kmerDBName(kdb.kmerDBName), kmerLocations(kdb.kmerLocations), Database(kdb) {}
  30         KmerDB();
  31         ~KmerDB();
  32
  33         void generateDB();
  34         void addSequence(Sequence);
  35         vector<int> findClosestSequences(Sequence*, int);
  36         void readKmerDB(ifstream&);
  37         int getCount(int);  //returns number of sequences with that kmer number
  38         vector<int> getSequencesWithKmer(int);  //returns vector of sequences that contain kmer passed in
  39         int getReversed(int);  //returns reverse compliment kmerNumber
  40         int getMaxKmer() { return maxKmer; }
  41
  42 private:
  43
  44         int kmerSize;
  45         int maxKmer, count;
  46         string kmerDBName;
  47         vector<vector<int> > kmerLocations;
  48 };
  49
  50 #endif