kmerdb.hpp

   1 #ifndef KMERDB_HPP
   2 #define KMERDB_HPP
   3
   4 /*
   5  *  kmerdb.h
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/16/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 class KmerDB : public Database {
  14
  15 public:
  16         KmerDB(string, int);
  17         Sequence* findClosestSequence(Sequence*);
  18
  19 private:
  20         void generateKmerDB(string);
  21         void readKmerDB(string, ifstream&);
  22         int kmerSize;
  23         int maxKmer;
  24         vector<vector<int> > kmerLocations;
  25 };
  26
  27 #endif