kmer.hpp

   1 #ifndef KMER_HPP
   2 #define KMER_HPP
   3
   4 /*
   5  *  kmer.hpp
   6  *
   7  *
   8  *  Created by Pat Schloss on 12/15/08.
   9  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 /**************************************************************************************************/
  14
  15 class Kmer {
  16
  17 public:
  18         Kmer(int);
  19         string getKmerString(string);
  20         int getKmerNumber(string, int);
  21
  22
  23 private:
  24         string getKmerBases(int);
  25
  26         char getASCII(int);
  27         int getNumber(char);
  28         int kmerSize;
  29         int maxKmer;
  30         int nKmers;
  31 };
  32
  33 /**************************************************************************************************/
  34
  35 #endif