hclustercommand.h

   1 #ifndef HCLUSTERCOMMAND_H
   2 #define HCLUSTERCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  hclustercommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 10/13/09.
   9  *  Copyright 2009 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
  12
  13 #include "command.hpp"
  14 #include "globaldata.hpp"
  15 #include "hcluster.h"
  16 #include "rabundvector.hpp"
  17 #include "sabundvector.hpp"
  18 #include "listvector.hpp"
  19 #include "readcluster.h"
  20
  21 /******************************************************************/
  22 //This command is an implementation of the HCluster algorythmn described in
  23 //ESPRIT: estimating species richness using large collections of 16S rRNA pyrosequences by
  24 //Yijun Sun1,2,*, Yunpeng Cai2, Li Liu1, Fahong Yu1, Michael L. Farrell3, William McKendree3
  25 //and William Farmerie1 1
  26
  27 //Interdisciplinary Center for Biotechnology Research, 2Department of Electrical and Computer Engineering,
  28 //University of Florida, Gainesville, FL 32610-3622 and 3Materials Technology Directorate, Air Force Technical
  29 //Applications Center, 1030 S. Highway A1A, Patrick AFB, FL 32925-3002, USA
  30 //Received January 28, 2009; Revised April 14, 2009; Accepted April 15, 2009
  31 /************************************************************/
  32 class HClusterCommand : public Command {
  33
  34 public:
  35         HClusterCommand(string);
  36         HClusterCommand();
  37         ~HClusterCommand();
  38         vector<string> getRequiredParameters();
  39         vector<string> getValidParameters();
  40         vector<string> getRequiredFiles();
  41         map<string, vector<string> > getOutputFiles() { return outputTypes; }
  42         int execute();
  43         void help();
  44
  45 private:
  46         GlobalData* globaldata;
  47         HCluster* cluster;
  48         ListVector* list;
  49         RAbundVector* rabund;
  50         RAbundVector oldRAbund;
  51         ListVector oldList;
  52         ReadCluster* read;
  53
  54         bool abort, sorted, print_start, hard;
  55         string method, fileroot, tag, distfile, format, phylipfile, columnfile, namefile, sort, showabund, timing, outputDir;
  56         double cutoff;
  57         int precision, length;
  58         ofstream sabundFile, rabundFile, listFile;
  59         time_t start;
  60         unsigned long loops;
  61         vector<string> outputNames;
  62         map<string, vector<string> > outputTypes;
  63
  64         void printData(string label);
  65 };
  66
  67 /************************************************************/
  68
  69 #endif