groupmap.h

   1 #ifndef GROUPMAP_H
   2 #define GROUPMAP_H
   3 /*
   4  *  groupmap.h
   5  *  Dotur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 12/1/08.
   8  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include <map>
  13 #include <string>
  14 #include <iostream>
  15 #include <fstream>
  16 #include "utilities.hpp"
  17
  18 /* This class is a representation of the groupfile.  It is used by all the shared commands to determine what group a
  19         certain sequence belongs to. */
  20
  21 class GroupMap {
  22 public:
  23         GroupMap(string);
  24         ~GroupMap();
  25         void readMap();
  26         int getNumGroups();
  27         string getGroup(string);
  28         vector<string> namesOfGroups;
  29         map<string, int> groupIndex;  //groupname, vectorIndex in namesOfGroups. - used by collectdisplays.
  30
  31 private:
  32         ifstream fileHandle;
  33         string groupFileName;
  34         int numGroups, index;
  35         map<string, string>::iterator it;
  36         void setNamesOfGroups(string);
  37         map<string, string> groupmap; //sequence name and groupname
  38 };
  39
  40 #endif