groupmap.h

   1 #ifndef GROUPMAP_H
   2 #define GROUPMAP_H
   3 /*
   4  *  groupmap.h
   5  *  Mothur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 12/1/08.
   8  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include "mothur.h"
  13 #include "mothurout.h"
  14
  15 /* This class is a representation of the groupfile.  It is used by all the shared commands to determine what group a
  16         certain sequence belongs to. */
  17
  18 class GroupMap {
  19 public:
  20         GroupMap() {};
  21         GroupMap(string);
  22         ~GroupMap();
  23         int readMap();
  24         int readDesignMap();
  25         int getNumGroups();
  26         bool isValidGroup(string);  //return true if string is a valid group
  27         string getGroup(string);
  28         void setGroup(string, string);
  29         vector<string> getNamesOfGroups() {
  30                 sort(namesOfGroups.begin(), namesOfGroups.end());
  31                 groupIndex.clear();
  32                 for (int i = 0; i < namesOfGroups.size(); i++) { groupIndex[namesOfGroups[i]] = i; }
  33                 return namesOfGroups;
  34         }
  35         void setNamesOfGroups(vector<string> sn) { namesOfGroups = sn; }
  36         map<string, int> groupIndex;  //groupname, vectorIndex in namesOfGroups. - used by collectdisplays and libshuff commands.
  37         int getNumSeqs()  {  return groupmap.size();  }
  38         vector<string> getNamesSeqs();
  39         vector<string> getNamesSeqs(vector<string>); //get names of seqs belonging to a group or set of groups
  40         int getNumSeqs(string); //return the number of seqs in a given group
  41
  42 private:
  43         vector<string> namesOfGroups;
  44         MothurOut* m;
  45         ifstream fileHandle;
  46         string groupFileName;
  47         int index;
  48         map<string, string>::iterator it;
  49         void setNamesOfGroups(string);
  50         map<string, string> groupmap; //sequence name and groupname
  51         map<string, int> seqsPerGroup;  //maps groupname to number of seqs in that group
  52 };
  53
  54 #endif