globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include "mothur.h"
   5 #include "groupmap.h"
   6 #include "treemap.h"
   7
   8 using namespace std;
   9
  10 class ListVector;
  11 class SharedListVector;
  12 class SparseMatrix;
  13 class FullMatrix;
  14 class Tree;
  15 class OrderVector;
  16 class InputData;
  17 class GroupMap;
  18 class TreeMap;
  19 class SAbundVector;
  20
  21 class GlobalData {
  22 public:
  23         static GlobalData* getInstance();
  24         ListVector* gListVector;
  25         SparseMatrix* gSparseMatrix;
  26         InputData* ginput;
  27         OrderVector* gorder;
  28         ListVector* glist;
  29         vector<Tree*> gTree;
  30         SharedListVector* gSharedList;
  31         SAbundVector* sabund;
  32         GroupMap* gGroupmap;
  33         FullMatrix* gMatrix;
  34         TreeMap* gTreemap;
  35         string inputFileName, helpRequest, commandName;
  36         bool allLines;
  37         vector<string>  Estimators, Groups; //holds estimators to be used
  38         set<int> lines; //hold lines to be used
  39         set<string> labels; //holds labels to be used
  40
  41         string getPhylipFile();
  42         string getColumnFile();
  43         string getListFile();
  44         string getRabundFile();
  45         string getSabundFile();
  46         string getNameFile();
  47         string getGroupFile();
  48         string getOrderFile();
  49         string getFastaFile();
  50         string getTreeFile();
  51         string getSharedFile();
  52         string getCutOff();
  53         string getFormat();
  54         string getPrecision();
  55         string getMethod();
  56         string getFileRoot();
  57         string getIters();
  58         string getJumble();
  59         string getFreq();
  60         string getAbund();
  61         string getRandomTree();
  62         string getGroups();
  63         string getStep();
  64         string getForm();
  65
  66         void setListFile(string);
  67         void setPhylipFile(string);
  68         void setColumnFile(string);
  69         void setNameFile(string);
  70         void setRabundFile(string);
  71         void setSabundFile(string);
  72         void setFormat(string);
  73         void setRandomTree(string);
  74         void setGroups(string);
  75         void setCalc(string);
  76
  77         void clear();
  78         void clearLabels();
  79         void clearAbund();
  80
  81         void parseGlobalData(string, string);
  82
  83 private:
  84         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, fastafile, treefile, sharedfile, line, label, randomtree, groups;
  85         string cutoff, format, precision, method, fileroot, iters, jumble, freq, calc, abund, step, form;
  86
  87         static GlobalData* _uniqueInstance;
  88         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
  89         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
  90         GlobalData();
  91         ~GlobalData();
  92         void reset();   //clears all non filename parameters
  93
  94
  95
  96 };
  97
  98 #endif