]> git.donarmstrong.com Git - mothur.git/tree
working on libshuff
-rw-r--r-- 3119 Mothur.1
drwxr-xr-x - Mothur.xcodeproj
-rw-r--r-- 4359 ace.cpp
-rw-r--r-- 692 ace.h
-rw-r--r-- 1975 averagelinkage.cpp
-rw-r--r-- 1191 bootstrap.cpp
-rw-r--r-- 698 bootstrap.h
-rw-r--r-- 44524 calculator.cpp
-rw-r--r-- 10220 calculator.h
-rw-r--r-- 1768 chao1.cpp
-rw-r--r-- 667 chao1.h
-rw-r--r-- 3718 cluster.cpp
-rw-r--r-- 1406 cluster.hpp
-rw-r--r-- 5647 clustercommand.cpp
-rw-r--r-- 1486 clustercommand.h
-rw-r--r-- 7270 collect.cpp
-rw-r--r-- 1072 collect.h
-rw-r--r-- 4755 collectcommand.cpp
-rw-r--r-- 1904 collectcommand.h
-rw-r--r-- 2240 collectdisplay.h
-rw-r--r-- 1874 collectorscurvedata.h
-rw-r--r-- 8559 collectsharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2171 collectsharedcommand.h
-rw-r--r-- 371 command.hpp
-rw-r--r-- 3786 commandfactory.cpp
-rw-r--r-- 351 commandfactory.hpp
-rw-r--r-- 1882 commandoptionparser.cpp
-rw-r--r-- 448 commandoptionparser.hpp
-rw-r--r-- 1697 completelinkage.cpp
-rw-r--r-- 5492 coverage.cpp
-rw-r--r-- 734 coverage.h
-rw-r--r-- 1393 database.cpp
-rw-r--r-- 355 database.hpp
-rw-r--r-- 1405 datavector.hpp
-rw-r--r-- 1658 deconvolutecommand.cpp
-rw-r--r-- 841 deconvolutecommand.h
-rw-r--r-- 615 display.h
-rw-r--r-- 5476 engine.cpp
-rw-r--r-- 821 engine.hpp
-rw-r--r-- 28258 errorchecking.cpp
-rw-r--r-- 1278 errorchecking.h
-rw-r--r-- 4894 fastamap.cpp
-rw-r--r-- 1719 fastamap.h
-rw-r--r-- 11324 fileoutput.cpp
-rw-r--r-- 2481 fileoutput.h
-rw-r--r-- 17813 fullmatrix.cpp
-rw-r--r-- 2036 fullmatrix.h
-rw-r--r-- 1601 getgroupcommand.cpp
-rw-r--r-- 442 getgroupcommand.h
-rw-r--r-- 1738 getlabelcommand.cpp
-rw-r--r-- 439 getlabelcommand.h
-rw-r--r-- 1753 getlinecommand.cpp
-rw-r--r-- 434 getlinecommand.h
-rw-r--r-- 12585 globaldata.cpp
-rw-r--r-- 2312 globaldata.hpp
-rw-r--r-- 2526 groupmap.cpp
-rw-r--r-- 965 groupmap.h
-rw-r--r-- 18641 helpcommand.cpp
-rw-r--r-- 524 helpcommand.h
-rw-r--r-- 5882 inputdata.cpp
-rw-r--r-- 724 inputdata.h
-rw-r--r-- 4247 jackknife.cpp
-rw-r--r-- 825 jackknife.h
-rw-r--r-- 2807 kmer.cpp
-rw-r--r-- 608 kmer.hpp
-rw-r--r-- 3274 kmerdb.cpp
-rw-r--r-- 433 kmerdb.hpp
-rw-r--r-- 12383 libshuffcommand.cpp
-rw-r--r-- 1226 libshuffcommand.h
-rw-r--r-- 8208 listvector.cpp
-rw-r--r-- 1388 listvector.hpp
-rw-r--r-- 968 mothur.cpp
-rw-r--r-- 617 mothur.h
-rw-r--r-- 2784 nameassignment.cpp
-rw-r--r-- 380 nameassignment.hpp
-rw-r--r-- 923 nocommand.cpp
-rw-r--r-- 392 nocommand.h
-rw-r--r-- 1387 npshannon.cpp
-rw-r--r-- 707 npshannon.h
-rw-r--r-- 663 nseqs.h
-rw-r--r-- 410 observable.h
-rw-r--r-- 6467 ordervector.cpp
-rw-r--r-- 1772 ordervector.hpp
-rw-r--r-- 5626 parselistcommand.cpp
-rw-r--r-- 1404 parselistcommand.h
-rw-r--r-- 4206 parsimony.cpp
-rw-r--r-- 756 parsimony.h
-rw-r--r-- 16875 parsimonycommand.cpp
-rw-r--r-- 2223 parsimonycommand.h
-rw-r--r-- 2380 progress.cpp
-rw-r--r-- 219 progress.hpp
-rw-r--r-- 768 quitcommand.cpp
-rw-r--r-- 481 quitcommand.h
-rw-r--r-- 8242 rabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1413 rabundvector.hpp
-rw-r--r-- 1552 rarecalc.cpp
-rw-r--r-- 761 rarecalc.h
-rw-r--r-- 4975 raredisplay.cpp
-rw-r--r-- 1004 raredisplay.h
-rw-r--r-- 4817 rarefact.cpp
-rw-r--r-- 845 rarefact.h
-rw-r--r-- 4617 rarefactcommand.cpp
-rw-r--r-- 2144 rarefactcommand.h
-rw-r--r-- 1843 rarefactioncurvedata.h
-rw-r--r-- 6300 rarefactsharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2041 rarefactsharedcommand.h
-rw-r--r-- 2657 readdistcommand.cpp
-rw-r--r-- 1200 readdistcommand.h
-rw-r--r-- 11588 readmatrix.cpp
-rw-r--r-- 1717 readmatrix.hpp
-rw-r--r-- 2137 readotucommand.cpp
-rw-r--r-- 2018 readotucommand.h
-rw-r--r-- 12324 readtree.cpp
-rw-r--r-- 1338 readtree.h
-rw-r--r-- 2219 readtreecommand.cpp
-rw-r--r-- 503 readtreecommand.h
-rw-r--r-- 6989 sabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1477 sabundvector.hpp
-rw-r--r-- 3328 sequence.cpp
-rw-r--r-- 787 sequence.hpp
-rw-r--r-- 1718 shannon.cpp
-rw-r--r-- 698 shannon.h
-rw-r--r-- 2435 shared.cpp
-rw-r--r-- 736 shared.h
-rw-r--r-- 4133 sharedace.cpp
-rw-r--r-- 733 sharedace.h
-rw-r--r-- 2398 sharedchao1.cpp
-rw-r--r-- 708 sharedchao1.h
-rw-r--r-- 3390 sharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 1053 sharedcommand.h
-rw-r--r-- 1148 sharedjabund.cpp
-rw-r--r-- 739 sharedjabund.h
-rw-r--r-- 1468 sharedjclass.cpp
-rw-r--r-- 726 sharedjclass.h
-rw-r--r-- 1715 sharedjest.cpp
-rw-r--r-- 713 sharedjest.h
-rw-r--r-- 11310 sharedlistvector.cpp
-rw-r--r-- 2055 sharedlistvector.h
-rw-r--r-- 736 sharednseqs.h
-rw-r--r-- 10238 sharedordervector.cpp
-rw-r--r-- 2312 sharedordervector.h
-rw-r--r-- 11101 sharedrabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1939 sharedrabundvector.h
-rw-r--r-- 8709 sharedsabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1734 sharedsabundvector.h
-rw-r--r-- 1310 sharedsobs.cpp
-rw-r--r-- 756 sharedsobs.h
-rw-r--r-- 1428 sharedsobscollectsummary.cpp
-rw-r--r-- 737 sharedsobscollectsummary.h
-rw-r--r-- 1140 sharedsorabund.cpp
-rw-r--r-- 752 sharedsorabund.h
-rw-r--r-- 1478 sharedsorclass.cpp
-rw-r--r-- 740 sharedsorclass.h
-rw-r--r-- 1718 sharedsorest.cpp
-rw-r--r-- 727 sharedsorest.h
-rw-r--r-- 1986 sharedthetan.cpp
-rw-r--r-- 727 sharedthetan.h
-rw-r--r-- 2054 sharedthetayc.cpp
-rw-r--r-- 735 sharedthetayc.h
-rw-r--r-- 1855 simpson.cpp
-rw-r--r-- 681 simpson.h
-rw-r--r-- 1714 singlelinkage.cpp
-rw-r--r-- 759 sobs.h
-rw-r--r-- 6556 sparsematrix.cpp
-rw-r--r-- 1148 sparsematrix.hpp
-rw-r--r-- 4490 summarycommand.cpp
-rw-r--r-- 1779 summarycommand.h
-rw-r--r-- 929 summarydata.h
-rw-r--r-- 717 summarydisplay.h
-rw-r--r-- 9946 summarysharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2227 summarysharedcommand.h
-rw-r--r-- 18290 tree.cpp
-rw-r--r-- 1625 tree.h
-rw-r--r-- 879 treecalculator.h
-rw-r--r-- 3867 treemap.cpp
-rw-r--r-- 1142 treemap.h
-rw-r--r-- 2979 treenode.cpp
-rw-r--r-- 1538 treenode.h
-rw-r--r-- 12486 unifracunweightedcommand.cpp
-rw-r--r-- 1804 unifracunweightedcommand.h
-rw-r--r-- 14972 unifracweightedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2092 unifracweightedcommand.h
-rw-r--r-- 14012 unweighted.cpp
-rw-r--r-- 689 unweighted.h
-rw-r--r-- 10363 utilities.hpp
-rw-r--r-- 3142 uvest.cpp
-rw-r--r-- 671 uvest.h
-rw-r--r-- 10263 validcalculator.cpp
-rw-r--r-- 1030 validcalculator.h
-rw-r--r-- 3324 validcommands.cpp
-rw-r--r-- 686 validcommands.h
-rw-r--r-- 2823 validparameter.cpp
-rw-r--r-- 676 validparameter.h
-rw-r--r-- 6662 weighted.cpp
-rw-r--r-- 774 weighted.h