getotuscommand.h

   1 #ifndef GETOTUSCOMMAND_H
   2 #define GETOTUSCOMMAND_H
   3
   4 /*
   5  *  getotuscommand.h
   6  *  Mothur
   7  *
   8  *  Created by westcott on 11/10/10.
   9  *  Copyright 2010 Schloss Lab. All rights reserved.
  10  *
  11  */
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  15 #include "command.hpp"
  16 #include "groupmap.h"
  17 #include "listvector.hpp"
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  19 class GetOtusCommand : public Command {
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  21 public:
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  23         GetOtusCommand(string);
  24         GetOtusCommand();
  25         ~GetOtusCommand(){}
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  27         vector<string> setParameters();
  28         string getCommandName()                 { return "get.otus";                            }
  29         string getCommandCategory()             { return "OTU-Based Approaches";        }
  30         string getHelpString();
  31         string getCitation() { return "http://www.mothur.org/wiki/Get.otus"; }
  32         string getDescription()         { return "outputs a new list file containing the otus containing sequences from the groups specified"; }
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  35         int execute();
  36         void help() { m->mothurOut(getHelpString()); }
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  39 private:
  40         string accnosfile, groupfile, listfile, outputDir, groups, label;
  41         bool abort;
  42         vector<string> outputNames, Groups;
  43         GroupMap* groupMap;
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  45         void readAccnos();
  46         int readListGroup();
  47         int processList(ListVector*&, GroupMap*&, ofstream&, ofstream&, bool&);
  48
  49 };
  50
  51 #endif
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